Eisenstadt scheint 1118 zum ersten Mal als „castrum ferrum“ auf. Die erste schriftliche Erwähnung erfolgte 1264 als „minor Mortin“. Ende des 13. bis etwa Mitte des 14. Jahrhunderts ist Eisenstadt Besitz der Familie Gut-Keled. In einer Urkunde König Ludwigs aus dem Jahr 1371 wird Eisenstadt als Bestandteil der Herrschaft Hornstein erwähnt, deren Besitzer die ungarische Adelsfamilie Kanizsai war.

Die Familie Kanizsai ließ mit königlicher Erlaubnis die Stadt befestigen. Gleichzeitig bauten sie innerhalb der Mauern eine neue Burg hier und legten somit den Grundstein für die spätere Entwicklung der Stadt. Auf Grund der Tatsache, dass der Ort mit einer starken Befestigungsmauer umgeben wurde und als uneinnehmbar galt, nannte man sie auch die "Eiserne". Daher der Name Eisenstadt.

1388 erhielt Eisenstadt das Marktrecht. 1445 erwarb Herzog Albrecht VI Eisenstadt. In den folgenden 150 Jahren blieb Eisenstadt unter österreichischer Verwaltung. 1529 und 1532 eroberten die Türken Eisenstadt bei ihrem Vormarsch auf Wien. Kaiser Ferdinand III belehnte 1648 die ungarische Adelsfamilie Esterházy mit der mit der Region Eisenstadt. 1687 wurde die Familie Esterházy von seinem Nachfolger Leopold I in den Reichsfürstenstand erhoben. Eisenstadt wurde am 26. Oktober 1648 vom Kaiser zur königlichen Freistadt erhoben.

Die Familie Esterházy entwickelte sich zu einer der reichsten Adelsfamilien Mitteleuropas. Dennoch blieb Eisenstadt ihr fürstlicher Hauptsitz. Die frühere Wehrburg bauten sie zu einem repräsentativen Schloss um. 1809 wurde Eisenstadt während der Koalitionskriege von französischen Truppen besetzt. Nach dem Ersten Weltkrieg und der Auflösung Österreich-Ungarns kam das Burgenland und somit auch Eisenstadt 1921 zu Österreich. Eisenstadt wurde am 19. Oktober 1925 zum Sitz der burgenländischen Landesregierung und damit auch zur Landeshauptstadt bestimmt.

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