Der Ursprung des Schlosses geht auf eine gotische Burg aus dem 13. Jahrhundert zurück. Reste von ihr konnten bei archäologischen Grabungen von 1980 bis 1985 im Schlosshof festgestellt werden. Sie gehörte einem Zweig der Familie Gutkeled.

Ende des 14. Jahrhunderts wurde durch die Familie Kanizsai in Eisenstadt eine Stadtburg errichtet. 1371 hatte der ungarische König Ludwig I die Erlaubnis gegeben, Eisenstadt mit einer Mauer zu umgeben und in ihrer Nordwestecke eine Burg zu errichten. Die Arbeiten waren 1390 beendet. Die erste urkundliche Erwähnung der Burg stammt aus dem Jahr 1394. Im Gegensatz zu den eigentlichen Grenzburgen Leithaprodersdorf, Hornstein und Forchtenstein hatte das etwas zurück liegende Eisenstadt nur begrenzte militärische Aufgaben.

Um 1405 gelangte die Burg in österreichischen Besitz, blieb jedoch bis 1445 Eigentum der Familie Kanizsai. Dann erhielt sie Herzog Albrecht VI als Pfand, der sie aber noch im gleichen Jahr an Ulrich von Eitzing weiterverpfändete. 1451 kaufte König Friedrich III die Herrschaft. Er verpfändete sie 1463 an Johann Siebenhirter. 1482 besetzte König Matthias Corvinus Eisenstadt und übergab es 1488 seinem Sohn Johann Corvinus. Durch den Frieden von Pressburg kam es 1491 wieder zu Österreich und wurde nun wieder als Pfandbesitz vergeben. Nach dem Tod des Pfandherrn Johannes von Weisspriach löste Kaiser Maximilian II 1571 die Herrschaft wieder aus. Die Stadtburg wurde vorerst von Stadthauptleuten und Rentmeistern verwaltet.

1622 verpfändete Kaiser Ferdinand II Eisenstadt an den Grafen Nikolaus Esterhazy. Die Stadtburg war damals bereits in einem recht baufälligen Zustand. 1647 kam Eisenstadt wieder zum Königreich Ungarn. Die Herrschaft wurde 1649 Ladislaus Graf Esterhazy als Eigentum zugesprochen. Ladislaus starb 1652 gemeinsam mit drei seiner Vettern in der Schlacht von Vezekény gegen die Türken. Sein jüngerer Bruder, der spätere Palatin und Fürst Paul I Esterházy, ließ in den Jahren 1663 bis 1672 ein repräsentatives Stadtschloss errichten. Dabei wurde der mittelalterliche Bau mit Barockformen ummantelt. Das neue Schloss wurde 1683 von den Türken schwer verwüstet. Die Schäden wurden aber noch unter Paul I behoben. in den nächsten Jahrhunderten wurde das Schloss von den Esterhazys immer wieder um- und ausgebaut.

1945 und die Jahre danach brachten für das Schloss schwere Verwüstungen und Plünderungen. Danach hatte die burgenländische Landesregierung hier ihren Sitz. Auch das Landesgericht war eine Zeitlang im Schloss untergebracht. Das längst wieder restaurierte Schloss gehört heute einer Privatstiftung der Familie Esterházy.

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