Auf den Resten eines römischen Wachturmes entstand im 12. Jahrhundert eine romanische Kleinkirche. Die ehemalige Pfarrkirche des hl. Pankratius und des hl. Ägidius wird heute als Fischerkirche bezeichnet.

In der zweiten Hälfte des 13. Jahrhunderts wurde südlich der romanischen Apsis die Marienkapelle als eigenständiger Teil angebaut. Sie wurde von der Königin Maria von Ungarn gestiftet. Um 1400 erfolgte eine Erweiterung der Kirche in östliche Richtung. Im 14. und 15. Jahrhundert wurde die Kirche Richtung Osten vergrößert, mit einer Wehrmauer umgeben und als Wehrkirche in die Stadtbefestigung von Rust mit eingebunden. Anfang des 16. Jahrhunderts wurden die Marienkapelle und der Pankratius-Chor durch den Bau des spätgotischen Querschiffes vereinigt.

Der gotische Turm wurde bei der ersten Türkenbelagerung 1529 zerstört. Er wurde 1575 wieder aufgebaut und 1719 mit Stützpfeilern und einen barocken Zwiebelturm versehen. Jedoch stürzte dieser bereits 1879 wieder ein und wurde danach bis auf den heute noch bestehenden einfachen Torbau abgetragen. 1962 wurde die Kirche außen renoviert, die Restaurierung der Wehranlagen fand 1963/64 statt. Das ehemalige Gotteshaus dient heute fast ausschließlich musealen und kulturellen Zwecken.

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