Die Pfarre wird 1437 bereits erwähnt, 1454 tritt uns mit Pfarrer Wolfgang Pfluger erstmals eine greifbare Persönlichkeit entgegen. Von 1577 bis 1638 wurde die Kirche von protestantischen und flacianischen Geistlichen betreut. Darauf folgte eine Periode der Rekatholisierung.

1641 war Baron Christoph Laisser Patronatsherr der Kirche. 1659 wird dir Kirche mit "Satis desolata" und 1674 in schlechtem Zustand bezeichnet. Nachdem die Familie Leisser Donnerskirchen 1652 verkauft und verlassen hatte, ließ der neue Patronatsherr Fürst Paul I Esterházy 1676 eine neue Kirche auf den Grundfesten der mittelalterlichen Kirche erbauen. Sie wurde im Jahr 1680 geweiht. Die Kirche wurde mit einer bewehrten Terrasse ausgestattet.

Die barocke Wehrkirche war in kriegerischen Zeiten (z. B. während der Türkenbelagerungen) letzter Zufluchtsort der Ortsbevölkerung. Die Pfarrkirche von Donnerskirchen war ursprünglich leuchtend weiß gefärbt und stellte eine wichtige Landmarke für die Fischer am Neusiedler See dar. Erst bei der letzten Außenrenovierung der Martinskirche hat das Bundesdenkmalamt die Farbe Schönbrunngelb vorgeschrieben.

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