Erstmals urkundlich erwähnt ist Rust im Jahre 1317 als "Ceel" (Rüster) in einer Schenkungsurkunde des ungarischen Königs Karl Robert I von Anjou-Neapel für seinen Gefolgsmann Desiderius Hedevary als "possessio Ceel vocatum circa stagnum Ferthew".

Rust blieb bis 1393 im Familienbesitz der Héderváry, einer Nebenlinie der Güssinger Grafen. Als Rust auf dem Erbweg in den Besitz der Grafen von St. Georgen-Bösing kam, begann der rasche Aufstieg des kleinen Winzer- und Fischerdorfes. 1441 ging die Herrschaft Ungarisch-Altenburg in den Besitz der Grafen von St. Georgen-Bösing über und Rust ist dieser Herrschaft unterstellt. Um 1470 wurde Rust zum Markt erhoben.

1512 wurde Rust erstmalig mit Mauern, Gräben und anderen Schutzwehren umgeben und befestigt. Nach dem Aussterben der Grafen von St. Georgen-Bösing kam Rust als Teil der Herrschaft Ungarisch-Altenburg an den ungarischen König. Als Ludwig II, König von Böhmen und Ungarn, 1523 die Herrschaft Ungarisch-Altenburg seiner Gattin Maria übergab, gelangte Rust zum ersten Mal in den Besitz der Habsburger und blieb bis 1649 habsburgisches Krongut. In den Türkenjahren 1529 und 1532 wurde Rust zerstört. Außerdem gab es Brandkatastrophen im Zeitraum von 1529 bis 1886.

Nach den Stephan Bocskay-Kämpfen (1604 bis 1606) wurde dem Markt Rust, der sich im ersten Jahrzehnt des 17. Jahrhunderts auf das Doppelte vergrößert hatte, 1614 eine zweite Befestigung gestattet. Bei der zweiten Stadtmauer, die aus Stein errichtet wurde, wurde auch die Fischerkirche in die Stadtmauer integriert und so zur Wehrkirche. Insgesamt gab es 3 Stadttore. Zwei am Anfang bzw. Ende der Hauptstraße und das heute noch erhaltene "Alte Stadttor", das aus dem Jahre 1517 stammt.

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