Die Ursprünge des Schlosses gehen bis in das 11. Jahrhundert zurück. Damals stand hier wahrscheinlich nur ein Turm. Lehensherren waren zuerst die Grafen von Ortenburg, dann die Grafen von Cilli und die Grafen von Görz-Tirol. Der Rote Turm, von dem das Schloss seinen Namen hat, wurde später in einen befestigten Hof verbaut, der seit ca. 1450 als landesfürstliches Lehen der Familie Kreuzer gehörte.

1508 wird Johann Meixner als Lehensnehmer erwähnt. Er gilt auch als Bauherr des heutigen Schlosses. Durch Heirat gelangte das Schloss an Christoph Khevenhüller von Aichelburg. 1564 erwarb Hans von Gschrey die Herrschaft, veräußerte sie aber bereits 1570 an Franz Balthasar von Eschey. 1662 erwarb Maria Salome Freiin von Aichelburg das Schloss.

1688 war Georg Sigmund Freiherr von Mandorff Schlossbesitzer, auf den 1726 Johann Heinrich von Aineth folgte. 1738 kam Rothenthurn wieder an die Familie Mandorff. Nach den Familien Münch-Bellinghaus und Sorgo kaufte 1880 Konstantin Graf Normann von Ehrenfels den Besitz. Er ließ zwei Jahre später die Schlossfassaden überarbeiten. Durch Heirat bzw. Erbschaft ging Rothenthurn schließlich an die heutigen Eigentümer, Maria und Georg Baron Pereira-Arnstein, über.

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