Ein "Algerus de Saldenheim" ist der erste Seltenheimer, der urkundlich gesichert ist. Er vererbte um 1195 dem Kloster Viktring ein Grundstück. 1222 wird Cholo von Saldenhofen (Seltenheim) erwähnt.

Auf die Herren von Seltenheim folgten als Besitzer die Herren von Pettau. 1348 verkaufte Herdegen von Pettau die Burg an Rudolf von Liechtenstein-Murau. Nikolaus von Liechtenstein paktierte mit den vom Salzburger Erzbischof ins Land geholten Ungarn und stellte ihnen 1483 u. a. auch seine Burg Seltenheim zur Verfügung. Diese wurde hierauf 1487 von Kaiser Friedrich III belagert, eingenommen und niedergebrannt. 1527 wurde die Herrschaft an Hans und Andrä Ungnad übergeben.

Erst gegen Ende des 16. Jahrhunderts gelangte die Burg wieder als Eigen in den Besitz der Liechtensteiner. Letzter Vertreter der steirischen Liechtensteiner war Otto VIII, der 1619 starb. Seine Schwester Elisabeth, die den Besitz erbte, war mit dem Freiherrn Moritz von Windischgrätz verheiratet. Sie musste aber als Protestantin Kärnten verlassen. Ihr Sohn Johann Friedrich Freiherr von Windischgrätz trat wieder zum Katholizismus über und konnte so Seltenheim behalten. Das Schloss verfiel im 18. Jahrhundert. Die Windischgrätz verkauften erst 1821 die Herrschaft an den Gewerken Franz von Platzer.

Es folgten als Eigentümer Ludwig Fouque (1841), Franz Karis (1844) und noch im gleichen Jahr Thomas Ritter von Moro. Auch er verkaufte Seltenheim umgehend. Neuer Besitzer wurde Georg Kometter Freiherr von Trübein. Er ließ das Schloss wiederaufbauen. Dabei wurde die noch erhaltene Bausubstanz wieder instandgesetzt. 1920 übernahm Sidonie Gräfin Wagensperg das Gut, das 1951 in den Besitz von Kurt Hansemann-Wagensperg überging. Dr. Walter Moser ist seit dem Ende des 20. Jahrhunderts Eigentümer des Schlosses. Das 1972 umfassend restaurierte Gebäude wurde in den letzten Jahren neuerlich großzügig renoviert.

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