An der Stelle, auf der sich heute die Stiftsanlagen befinden, stand wohl schon in vorantiker Zeit eine illyrische oder keltische Befestigung, dann wahrscheinlich ein römisches Kastell, und im Mittelalter, bereits urkundlich gesichert, die Burg Lavant.

Mitte des 11. Jahrhunderts saß auf der Burg Lavant die aus dem Geschlecht der bayerischen Pfalzgrafen Aribo stammende Gräfin Richarda von Lavant. Im Bereich der Burg ließ sie eine dem Heiligen Ägidius geweihte Eigenkirche errichten. Richarda heiratete den Grafen Siegfried von Spanheim, der im ersten Kreuzzug 1065 in Bulgarien starb. In Vorahnung seinen nahen Todes ließ er eine zweite Kirche zu Ehren des Apostels Paulus errichten. Wenige Jahre darauf starb auch die Gräfin auf einer Wall- und Bußfahrt nach St. Jakob di Compostella.

Engelbert von Spanheim, einer der drei Söhne des Ehepaares, beschloss die Gründung eines dem Geist der burgundischen Benediktinerabtei Cluny entsprechenden Klosters. Er stiftete im Jahr 1091 dem neuen Kloster den Hof St. Paul und den darunter liegenden Ort sowie weitere Güter. Die ersten Mönche als auch der Abt Wezelin kamen aus dem ganz im Geiste der Cluny geführten schwäbischen Kloster Hirsau. Graf Engelbert von Spanheim verstarb im Jahr 1096. Zum Schutz des Klosters wurden südlich davon zwei Burgen, Rabenstein und Loschenthal, errichtet und mit Spanheimer Ministerialen besetzt. Im Jahr 1367 vernichtete ein Brand Teile der Klosteranlage, die aber umgehend wieder instand gesetzt wurden. Abt Johannes II von Esslinger ließ Tore und Mauern des Stifts befestigen, was das Kloster beim Türkeneinfall 1476 vor größeren Schäden bewahrte. Auch die 1480 eindringenden Truppen des ungarischen Königs Matthias Corvinus versuchten vergeblich, das Kloster einzunehmen.

Ab 1618 wurde nach Abt Marchstallers Planungen mit dem Neubau der Stiftsgebäude zu ihrer heutigen Form begonnen. Die Ausbauten wurden von seinen Nachfolgern, Paul Memminger (1638) und Philipp Rothenhäusler (1661) sowie von Albert Reichhart (1677) fortgeführt. 1782 verfügte Kaiser Josef II die Auflösung zahlreicher Klöster, zu denen auch St. Paul gehörte. Eine Intervention durch Abt Anselm II von Edling ermöglichte zwar im darauf folgenden Jahr die Rückkehr der Mönche, die hohe Verschuldung des Stiftes führte jedoch zur erneuten Aufhebung durch den Kaiser im Jahr 1787. Die Güter gingen in staatliche Verwaltung über. 1809 bezogen Berthold Rottler und Mönche aus dem aufgelösten Kloster St. Blasien das Stift in St. Paul. 1940 wurde das Stift von den Nationalsozialisten aufgehoben und die Schule in eine Nationalsozialistische politische Lehranstalt umgewandelt, die bis zum Zusammenbruch des Dritten Reichs 1945 bestand. Nach Kriegsende kehrten die Mönche wieder nach St. Paul zurück.

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