Das Kloster wurde 1144 nach dem Ableben Gebhards von Poigen durch dessen Witwe Hildburg von Poigen-Rebgau als kleines Kloster gegründet. Sie dotierte es mit Landbesitz, ihrer "Alten Burg" und dem Zweidrittelzehent ihrer Pfarrei Horn und übereignete den Besitz dem Bistum Passau.

1148 bezogen zwölf steirische Benediktinermönche die Zellen. Sie nannten das Stift nach ihrem Heimatkloster "St. Lambrecht zu Altenburg". Die Vogtei über das kleine Klosterreich hatte Hildburgs Sohn Hermann inne. Die Benediktinerabtei kam allmählich durch Dotationen in den Besitz von Ländereien, Höfen und Burgen. 1156 erlosch die Gründerfamilie derer von Poigen im Mannesstamm. Die Vogtei fiel, als Passauer Lehen, an die Babenberger.

Bei der Abtwahl 1681 erhielt Raymundus Regondi die meisten Stimmen, am selben Tag erfolgte mit Sondergenehmigung der Hofkanzlei in Wien seine Installierung. Während seiner Jahre verwüsteten im Großen Türkenkrieg angreifende Truppenverbände der Türken und ihrer Hilfsvölker und während des Aufstands von Franz II Rakoczi rebellierende Ungarn die Abtei in Altenburg. Unter den Äbten Maurus Boxler und Placidus Much entstand die heutige Klosteranlage. Unter Kaiser Joseph II war bis 1794 die Aufnahme von Novizen verboten, das Kloster blieb jedoch bestehen und wurde nicht aufgehoben. 1797 diente es als österreichisches Militärhospital.

Noch im 19. Jahrhundert besaß die Benediktinerabtei Altenburg außer dem Stiftsgut die Güter und Schlösser Wildberg, Limberg, Drösiedl, Mahrersdorf und Höfe in Mühlfeld, Wiesent, Grub, Wappoltenreith. 1754 bis 1848 unterstand den Benediktinern die Feste Eggenburg mit dem Landgericht. Das Kloster wurde nach der Besetzung Österreichs durch die Nationalsozialisten 1940 aufgehoben, 1941 enteignet, der Abt verhaftet und der Konvent ausgewiesen. Nach Ende des Zweiten Weltkriegs 1945 diente der Gebäudekomplex als Truppenunterkunft der russisch-sowjetischen Besatzungsarmee. Unter Abt Maurus Knappek (1947–1968) wurde das stark mitgenommene Stiftsgebäude renoviert und restauriert. Bernhard Naber, Abt von 1978 bis 2005, leitete weitere Restaurierungsarbeiten ein, die 2013 abgeschlossen wurden.

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