Von einem älteren Wehrbau, der bereits um die Mitte des 12. Jahrhunderts neben der Kirche errichtet worden sein soll, haben sich keine Spuren mehr erhalten. Die von Hadmar II von Kuenring gegründete Pfarre Altweitra war eine Urpfarre des Waldviertels. Sie wird urkundlich 1197 erwähnt, reicht aber in die Zeit vor 1182 zurück. Als Hadmar von Kuenring zu Beginn des 13. Jahrhunderts die Burgstadt Weitra erbauen ließ, wurden die Pfarrrechte von Altweitra nach Weitra übertragen. Altweitra blieb kurze Zeit Filialkirche, doch dann trat sie bald ihre pfarrlichen Rechte an Unserfrau ab, wo bereits ein Wallfahrtsort entstanden war. Durch diesen Funktionswechsel blieb die Kirche in ihrer ursprünglichen Gestalt bis heute erhalten. Die Landgrafen zu Fürstenberg verwendeten die Kirche als Begräbniskapelle, da sie neben der Kirche ihre Familiengruft errichteten.

Die aus Granitquadern errichtete, turmlose Kirche ist aus romanischer Zeit fast unversehrt erhalten geblieben. Über dem Langhaus und dem Chorquadrat befindet sich ein Obergeschoß. Dabei handelt es sich um das frühere Wehrgeschoß oder einer Pilgerherberge. Der weiträumige Kirchhof wird von einer Mauer umgeben. Nach Dachler hatte die Mauer Schießscharten, diese sind heute jedoch nicht mehr vorhanden.

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