Ardagger war ursprünglich Besitz des Passauer Bistums. Bereits 823 werden hier zwei Kirchen erwähnt. Die Brüder Ulrich und Askuin von Ardagger, die im Besitz des Lehens waren, wurden von Kaiser Heinrich III geächtet. Ihr Besitz wurde eingezogen und 1049 dem Bischof Nitker von Freising übergeben. Dieser verpflichtete sich, hier ein Kollegiatsstift für weltliche Kleriker zu errichten. Bereits 1063 wurde die Stiftskirche geweiht. Zwischen 1225 und 1236 wurde eine neue, größere Kirche durch Probst Heinrich I erbaut. Die Grundmauern entsprechen der heutigen Form des Stiftes Ardagger.

Im Jahr 1529 wurde die Kirche von den Türken geplündert und in Brand gesetzt. Sie lag dann fast 40 Jahre lang in Trümmern. 1567 wurde sie durch Probst Grübler wieder aufgebaut. Nachdem das Stift 1662 in eine Realpropstei umgewandelt worden war, wurde diese meist an Angehörige des höheren Adels vergeben. Der Propst musste aus dem Einkommen des Stiftes, das ihm zustand, lediglich die eingesetzten Vikare erhalten. Im 17. Jahrhundert wurde die Wohnung des Propstes repräsentativ ausgebaut. Als 1784 das Stift im Zuge der Klosteraufhebungen Kaiser Josephs II aufgelöst wurde, kam es vorerst an den Religionsfonds und wurde von der Staatsgüteradministration verwaltet.

1813 wurden die Stiftsgebäude an den Grafen Alois von Geniceo verkauft. Dieser ließ die zweigeschossige Dreiflügelanlage endgültig zum Schloss erweitern und sie dementsprechend einrichten. 1837 kam Ardagger an Natalie Edle von Löwenberg, auf die 1842 Graf Matthias Constantin von Wickenburg-Stechinelli folgte. Ab 1861 stellte die Familie Eltz die Schlossherren. Seit 1917 gehört Ardagger der Familie Ita.

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