In einer 1108 in Pressburg ausgestellten Urkunde wird ein "Poto de Asparn" als Zeuge genannt. Als die Familie vor 1239 ausstarb, fiel ihr Besitz an den Landesfürsten. Er verpfändete die Burg an Hadmar III von Sonnberg, der sich auch nach Asparn nannte. Die ursprüngliche Anlage stand am Küniglberg. Der erste Wehrbau am heutigen Standort dürfte von den Herren von Sonnberg als Wasserburg errichtet worden sein. Um 1348 hielten die Tursen von Rauheneck Asparn als landesfürstliches Lehen.

1413 war Reinprecht II von Wallsee-Enns Inhaber der Pfandherrschaft. Er erbaute um 1421 das heutige Schloss. 1443 mussten die Wallseer nach einem Besitzstreit Asparn an Ulrich von Eytzing übergeben. Kaiser Ferdinand I verpfändete die Herrschaft 1558 dem Adam Gall. Mit ihm hielt die Reformation Einzug in Asparn. Das Schloss wurde aber nicht sehr gepflegt und geriet in Verfall. Als Bernhard Leo Gall Freiherr von Gallenstein 1606 starb, gelangte die Pfandschaft zuerst an Christoph Freiherr von Unverzagt und dann 1611 an Seyfried Christoph Freiherrn von Breuner, der Asparn als freies Eigen erwerben konnte. 1645 richteten die Schweden starke Verwüstungen am Schloss an. Sie wurden 1651 unter Seyfried Lienhard Graf Breuner durch umfangreiche Baumaßnahmen behoben, wobei das Gebäude sein heutiges Aussehen erhielt.

1820 wurde der Nordtrakt des Gebäudes wegen Baufälligkeit abgetragen. 1945 richtete die russische Besatzung vor allem im Inneren große Schäden an. Heutiger Eigentümer ist seit 1897 die Familie Metternich-Sandor, die den Bau 1967 an das Land Niederösterreich vermieteten. Nach einer umfassenden Sanierung wurde in ihm ein Museum für Urgeschichte eingerichtet.

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