Ritter Luduvicus de Pochvlise ist 1168 der erste urkundliche Hinweis auf einen hier bestehenden Herrensitz. Auf die Herren von Bockfließ, die 1292 zum letzten Mal genannt werden, folgten um 1346 Bertold von Bergau, der aber nur zwei Drittel der Feste besaß und dann ab 1372 die Herren von Eckartsau.

Letztere wurden 1396 durch Herzog Albrecht IV mit Bockfließ belehnt. Nach ihrem Aussterben 1507 kam die Herrschaft an Sigmund Ludwig von Polheim. Kaiser Maximilian I bestätigte ihm den Besitz als freies Eigen. Vermutlich dürfte damals das heutige Schloss im wesentlichen neu erbaut worden sein. 1547 gelangte Bockfließ an die Familie Prankh. 1592 erwarb Andreas Freiherr von Teufel die Burg. Unter Carl Freiherr von Teufel wurde die Herrschaft 1621 wegen Verschuldung konfisziert.

Sein Schwiegersohn Franz Christoph Graf Khevenhüller beglich die Schulden und verkaufte 1635 Bockfließ an Sigmund Adam Graf Traun. 1663 wurde Bockfließ als Fluchtort für die umliegende Bevölkerung bestimmt. Graf Ernsts Sohn Ferdinand Ernst gelang es, eine Belagerung der Burg durch türkische Streifscharen abzuwehren. 1780 vernichtete ein schwerer Sturm den alten Dachstuhl. Dies wurde von Rudolf Graf Abensperg-Traun zum Anlass genommen, einen neuen Stock mit dem nach innen geneigten Pultdach aufzusetzen. In den Franzosenkriegen hatte Bockfließ 1809 schwer zu leiden. Noch schlimmer traf es aber der Zweite Weltkrieg. 1945 verwüsteten russische Soldaten die Innenräume. Die Familie Abensperg-Traun ließ die Schäden des zweiten Weltkrieges wieder beheben. Heute gehört das Schloss der Gräfin Maya Goess, einer geborenen Gräfin Abensperg-Traun. Es dient als Wohnsitz der Familie.

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