Die älteste schriftliche Erwähnung von Ebenfurth liegt im Jahr 1160 in einem Urbar der Besitzungen des Bistums Freising vor. Man nimmt an, dass auch bereits zu Beginn des 12. Jahrhunderts ein Wehrbau in Ebenfurth existierte. 1250 verlieh das Bistum Passau das Lehen und die Burg an die Familie Chadolde Feldsberg-Seefelder.

1270 erwarben die Herren von Pottendorf Herrschaft und Schloss. Um 1482 bis 1490 besetzte der ungarische König Matthias Corvinus Ebenfurt. Nach dem Tode des letzten Pottendorfers Jörg, wechselten die Machtverhältnisse. Corvinus war noch immer Herr über dieses, damals ungarisches, Gebiet. Nach seinem Tod wurde Ebenfurth und die Burg wieder landesfürstlicher Besitz der Habsburger.

Die Habsburger übergaben die Herschaft als Pfand an wechselnde Herren (Stephan von Zips, Heinrich von Hardegg, die Herren von Rappach, sowie Jakob von Stamp). 1549 bestätigt Ferdinand I ein Marktprivileg und ab 1569 sorgt ein Stadtrichter mit Stadtrat für Verwaltung und Sozialwesen. Zu dieser Zeit wurden auch die Stadtmauer und Stadttore ausgebaut. 1589 erwirbt Wolf von Unverzagt, Kämmerer Rudolf II, die Stadt. In den folgenden Jahren prägen die Freiherren von Unverzagt das Stadtbild. 1747 verkaufte die Familie von Unverzagt Land und Leute an Leopold Suttner von Gundacker. 1848 erfolgte die Loslösung vom Adel.

Da die schriftlichen Quellen nur wenig Konkretes zur Baugeschichte der Stadtbefestigung beitragen wird vermutet, dass eine erste "ausgiebigere Befestigung der Stadt" am Ende des 12. Jahrhunderts erfolgt sein dürfte, wobei Stadt als auch Burg ein gemeinsames Befestigungssystem erhielten. Ursprünglich sollen nur das Ungar- und Deutsche Tor vorhanden gewesen sein. Das Bauerntor wurde erst im späteren Mittelalter (1558) zum leichteren Verkehr für die Feldarbeiter errichtet und mit einem Wehrturm versehen. Direkte Erwähnungen der Befestigungsanlagen erfolgen in den Ebenfurther Urbaren. So wird 1588 eine "wall und wandt" (wobei mit "wandt" wohl die Stadtmauer gemeint ist) erwähnt. 1643 werden das "Teutsch Thor" (Wiener Tor wurde auch „Deutsches Tor“ genannt), das "Hungar Thor" und die "Vorstatt" vor dem "Ungerthor" erwähnt. Das Urbar von 1643 berichtet auch von der Synagoge in der Judengasse, die in einem Turm der Stadtmauer eingerichtet sei.

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