Das Dorf Ebergassing wird 1120 erstmals genannt. Um 1136 scheint ein "Hezilo von Ebergozzingen" auf. 1334 gehörte die Burg einem Zweig der Stuchsen von Trautmannsdorf. Zwischen 1430 und 1455 scheinen die Herren von Wald in den fürstlichen Lehenbüchern auf. 1486 gelang es den Ungarn mit Hilfe von Wiener Söldnern Ebergassing nach einer längeren Belagerung einzunehmen. Etwas später befand sich die Burg im Besitz der Herren von Grafenwörth. Um 1540 kaufte Andreas Thonradl die Herrschaft. Der alte Wehrbau wurde zum Renaissance-Wasserschloss umgebaut. Da die Freiherren von Thonradl zu den führenden Protestanten in Niederösterreich zählten, wurde ihr Besitz 1620 eingezogen.

Ebergassing kam zuerst an Hieronymus von Bonacina und 1642 an die Fürsten von Liechtenstein, die den barocken Ausbau der Anlage veranlassten. Von 1788 bis 1811 gehörte die Herrschaft den Edlen von Trattner. Im 19. Jahrhundert wechselten die Eigentümer recht häufig. Zu ihnen zählten Elias Graf Almásy sowie die Freiherren von Schloissnigg. Franz von Schloissnigg ließ zwischen 1863 und 1865 umfangreiche Renovierungsarbeiten durchführen. Das Ende des Zweiten Weltkriegs brachte schwere Schäden für den Bau und sein Inventar. Das Schloss wurde unbewohnbar. Die Familie Marenzi, die mittlerweile die Schloissniggs beerbt hatte, musste in das Verwaltergebäude umziehen.

Das Hauptgebäude stand jahrelang leer und war bereits stark verfallen, als es 1999 von vier Familien erworben wurde. Das Gebäude wurde in den vergangenen Jahren komplett restauriert.

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