Die Burg wird wird 1126 erstmals als "Eggenburch" genannt, doch dürfte sie bereits Ende des 11. Jahrhunderts entstanden sein. Die Herren von Eggenburg waren Ministeriale der Babenberger und stammten vermutlich von den Kuenringern ab. Der erste namentlich bekannte Burgherr war der um 1140 urkundlich aufscheinende Wolfker von Eggenburg.

1204 war die Burg bereits ein wichtiger Teil der neu errichteten Stadtburg. 1328 wurde Eggenburg durch Johann von Böhmen erobert. Nachdem es wieder landesfürstlich geworden war, verpfändete es Herzog Albrecht II 1357 kurzzeitig an Kaiser Karl IV bzw. seinen Bruder Johann von Mähren. Danach wurde die Herrschaft meist an Pfleger vergeben.

Im 15. Jahrhundert waren Stadt und Burg mehrfach von böhmischen und ungarischen Truppen bedroht und gelegentlich auch besetzt. So wurde Eggenburg 1486 von Matthias Corvinus belagert und schließlich zur Übergabe gezwungen. Als zu Beginn des 16. Jahrhunderts die Türkengefahr immer drohender wurde, ließ man um 1510 die Wehranlagen modernisieren. Vor allem die Freiherren von Rogendorf, denen Eggenburg als Pfandbesitz übergeben wurde, ließen um 1527 die bereits baufällige Burg weitgehend erneuern und vergrößern. Kaiser Ferdinand I verkaufte die Herrschaft 1556 an Leonhard Pichler von Weitenegg. Von 1565 bis 1594 gehörte sie Ferdinand von Meggau.

1623 wurde sie an den Jesuitenorden verkauft. 1742 wird sie bereits als "Schandfleck und Gefahr für die Stadt" bezeichnet. Zehn Jahre später verkauften die Jesuiten die Anlage der Stadt Eggenburg. Diese gab sie zwei Jahre später an das Stift Altenburg weiter. 1808 breitete sich der verheerende Stadtbrand auch auf die Burg aus, wobei diese vollends zur Ruine wurde. 1878 erwarb die Familie Seitz das Areal. Sie errichtete ein neues Wohnhaus und ließ den Bergfried restaurieren. Die Burg ist noch heute in Familienbesitz.

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