Die Geschichte des Stiftes beginnt 1330, als Johann von Klingenberg, Graf von Litschau, eine kleine Marienkirche im Dorf vergrößert und mit Zustimmung des Passauer Bischofs zum Standort eines Kollegiatstiftes bestimmt. Nach dem Tod Heinrichs, des letzten Herren von Klingenberg zu Litschau, der 1346 in der Schlacht von Crécy gefallen war, wurde Albero von Puchheim von Propst Konrad und vom Konvent zum Erbvogt des Kollegiatstifts Eisgarn gewählt und 1357 von dessen Nachfolger Propst Stephan und vom Konvent als Erbvogt und zweiter Stifter bestätigt. 1393 ist die Existenz der Stiftsschule urkundlich belegt, welche heute noch als öffentliche Schule und somit als eine er ältesten Schulen Niederösterreichs besteht.

1432 kam es zu blutigen Hussiteneinfällen in der Region. Seit dem Propst Cornelius von Cautere (1580-1597) waren den Eisgarner Pröpsten auch immer landespolitische Aufgaben übertragen worden, die sie bis zum Ende der Monarchie 1918 innehatten. Im Deißigjährigen Krieg wurde das Stift durch kaiserliche und feindliche Truppen gleichermaßen verwüstet. Seit jener Zeit war das Kollegium nie mehr vollständig, dem Propst standen bis in die jüngste Vergangenheit nur mehr Vikare zur Seite. Bischof Klaus Küng hat mit Dekret vom 4. Mai 2009 das Kollegiatkapitel des Stiftes Eisgarn aufgehoben und in eine Realpropstei umgewandelt.

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