1291 bestätigte Herzog Albrecht I die Lehenshoheit des Regensburger Bistums. Bei dieser Gelegenheit wird Ernegg erstmals erwähnt. Es war eine Burg der bischöflichen Hofmark Steinakirchen.

Um 1321 hatten die Grafen Albrecht und Alram von Hals die Herrschaft inne. 1330 war sie im Besitz des Christian von Lengenbach. Sein Schwiegersohn Reinprecht I von Wallsee war 1344 hier begütert. Auf ihn folgte Otto von Zelking als Burgherr. Dessen gleichnamiger Enkel verkaufte Ernegg 1471 an Bernhard Harasser zu Groß. Über Vinzenz von Oberhaim und dessen Nichte Elisabeth von Hinterholz gelangte das Schloss 1527 als Lehen an den Kriegsobersten Wolfgang von Oedt zu Götzendorf.

Er nahm zwischen 1530 und 1540 größere Umbau- und Renovierungsarbeiten vor, die einem Neubau nahe kamen. Noch vor 1596 erwarb Reichart Streun von Schwarzenau Ernegg. Er musste jedoch zuvor einen Vergleich mit den Freiherren Auersperg abschließen, da diese mit der Familie Oedt bereits seit 1532 im Streit um deren Besitzungen lagen. 1612 und 1629 sind die Neudegger in Ernegg nachzuweisen.

Im Jahr 1656 kaufte Sigmund Erasmus Freiherr von Auersperg die Herrschaft. Seinem Sohn Franz Joseph Melchior gelang es, das bisherige Lehen in freies Eigentum umzuwandeln. 1836 zerstörte ein Brand die Dächer. Josef Graf Auersperg ließ die Schäden umgehend beheben. Das Schloss ging durch viele Generationen der Auerspergs. Zurzeit führen es Hilda Auersperg Lee und ihre Tochter Georgina Auersperg Newall, als gepflegtes Schlosshotel.

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