Die erste Burg wurde um 1050 errichtet. Angeblich wurde sie durch Kaiser Heinrich III zur Reichsfeste erklärt. Die Falkensteiner waren Ministeriale der Vohburger. Sie sind ab 1115 in den Klosterneuburger Traditionen mehrfach bezeugt.

Nach dem Investiturstreit wurden sie Vasallen der Babenberger. Falkenstein war von der Mitte des 12. bis zum Ende des 13. Jahrhunderts ein landesfürstliches Lehen. 1177 ist mit Wernhart II der letzte echte Falkensteiner bezeugt. Seine beiden Erbtöchter heirateten zwei Brüder aus der Familie Streun von Schwarzenau, die das Lehen übernahmen und sich ebenfalls Falkenstein nannten. Wegen seiner Beteiligung am Adelsaufstand musste Friedrich II von Liechtenstein, der damalige Lehensinhaber, 1296 fliehen.

Die Burg wurde ihm entzogen und bis 1571 nur mehr als Pfandbesitz vergeben. Hans von Liechtenstein, der zwischen 1369 und 1395 Pfandherr war, ließ sie erweitern und den Graben um sie anlegen. 1379 erfolgte die erste gesicherte Erwähnung der Burg. Hans III Freiherr von Trautson konnte 1572 die Herrschaft von Kaiser Maximilian II als Lehen erhalten. Er hatte sie ein Jahr zuvor von Hans III von Fünfkirchen übernommen. Sein Sohn Paul Sixtus III Freiherr von Trautson wurde 1598 in den Reichsgrafenstand erhoben und erhielt Falkenstein als freie Grafschaft. Obwohl die Zeit des Burgenbaues längst vorbei war, ließ er Falkenstein großzügig befestigen und zum Renaissanceschloss erweitern.

Im Dreißigjährigen Krieg wurde die Burg 1645 schwer beschädigt. Als die Besatzung Falkenstein verlassen hatten, wurden die beschädigten Gebäude notdürftig wieder instand gesetzt. Während der Türken- und Kuruzzengefahr in der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts wurde Falkenstein als Fluchtort bestimmt. Bald danach hatte die Anlage ihre militärische Bedeutung verloren und diente den Bauern der Umgebung als Steinbruch. Dies endete erst 1830 als das Burgtor zugemauert wurde.

Als Johann Wilhelm von Trautson 1775 starb, bekam der zweitälteste Sohn seiner Tochter Maria Josefa Rosalia, Karl Josef Anton Graf Auersperg, die Herrschaft. Sein Sohn Karl verkaufte sie aber bereits 1799 an den Freiherrn Johann Baptist von Bartenstein. Dessen Schwiegertochter heiratete nach dem Tode ihres Gatten Max Josef Freiherr Vrints-Berberich von Treuenfeld. Seine Familie starb 1974 aus. Falkenstein kam als Erbe an Georg Graf Thurn, der seinem Namen den Zusatz Vrints beifügte.

Die Ruine wurde ab 1990 vom Schutt befreit, archäologisch untersucht und der Öffentlichkeit zugänglich gemacht. Ihre laufende Betreuung erfolgt durch einen örtlichen Burgverein.

Weitere Informationen: Burgen Austria / NÖ-Burgen online