An der Stelle des heutigen Schlosses befand sich bereits im 13. Jahrhundert ein Kastell, das auf einen noch älteren hölzernen Wehrbau zurückging. Beide hatten die Sicherung dieser wichtigen Verkehrsverbindung nach Böhmen als Aufgabe. 1602 erbaute Johann Bernhard von Fünfkirchen ein neues Schloss als Wohnstätte und Verwaltungssitz für seinen riesigen Grundbesitz. 1603 erhob ihn Kaiser Rudolf II in den Freiherrenstand. Dennoch war er als streitbarer Protestant an den Ereignissen um den Prager Fenstersturz beteiligt. Nach der Schlacht am Weißen Berg wurde er 1620 geächtet und seine Güter fielen an den im benachbarten Nikolsburg residierenden Kardinal Franz von Dietrichstein.

1647 plünderten schwedische Truppen unter General Lennart Torstenson das Schloss. Im gleichen Jahr gelang es Johann Sigismund Freiherr von Fünfkirchen den Großteil des Familienbesitzes wieder zurück zu erhalten. 1698 wurde die Familie von Kaiser Leopold I in den Grafenstand erhoben. Graf Johann Adam ließ im ersten Viertel des 18. Jahrhunderts das Schloss barock umgestalten. Unter ihm und seinem Bruder Johann Franz war Fünfkirchen ein kulturelles Zentrum. 1805 übernachtete Napoleon im Schloss. Graf Franz de Paula ließ im selben Jahr die längst veralteten Bastionen einebnen und an ihrer Stelle einen englischen Landschaftspark anlegen.

Sein Sohn, Otto Franz, beauftragte zwischen 1826 und 1844 den Brünner Architekten Schlebs mit Ausbauarbeiten. 1945 wurde das Schloss durch russische Soldaten verwüstet. Dabei wurde die gesamte Einrichtung zerstört, bzw. verheizt oder verschleppt. Im leeren Gebäude wurden vorerst Notwohnungen für die aus Südmähren vertriebene deutschsprachige Bevölkerung eingerichtet. Die Familie Fünfkirchen übersiedelte in ein Nebengebäude. 1947 richtete man in den einstigen Stallungen eine Konservenfabrik ein, die aber 1969 aus wirtschaftlichen Gründen geschlossen werden musste. Das Schloss wurde verkauft und 1972 von der Industriellenfamilie Fuhrmann erworben. In den folgenden Jahren machte diese das Gebäude wieder bewohnbar. Mit Dr. Hans Graf Fünfkirchen und seiner Schwester Caroline starb die Familie Fünfkirchen nach 700 Jahren 1970 bzw. 1980 aus.

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