Das Kloster wurde 1153 als Tochterkloster von Seelau durch Ekbert und Ulrich von Pernegg gegründet und mit Seelauer Chorherren besiedelt. Es bildete mit dem zehn Kilometer entfernten Frauenkloster Pernegg ein Doppelkloster.

Das Stift wurde nach dem Aussterben der Grafen von Pernegg ein Passauer Eigenkloster. Bis zur Errichtung des Bistums St. Pölten (unter Kaiser Joseph II) lag es auf dem Gebiet des Bistums Passau. Es gehörte den größten Teil seiner Geschichte zur böhmischen Zirkarie des Prämonstratenserordens. Im letzten Krieg zwischen König Ottokar II Premysl und Rudolf von Habsburg (1278) wurde das Stift geplündert und zerstört. Zwischen 1419 und 1436 zogen die Hussiten mehrfach durch Geras und im November 1486 besetzten dann die Ungarn Geras.

In der Reformationszeit war das Kloster nur noch nominell katholisch und machte eine Krise durch. Schließlich wurden Stift und Stadt Geras im Dreißigjährigen Krieg mehrfach geplündert und 1620 von Mansfeldschen Truppen in Brand gesteckt. Einige wenige Chorherren kehrten 1625 aus der Abtei Strahov (Prag) in die Ruinen zurück und begannen unter dem aus Westfalen stammenden Abt Benedict Lachen den Wiederaufbau. Schon unter Abt Peter II Herkart und besonders unter dem, als zweiter Gründer geltenden Abt Johannes Westhaus wurde, noch während des Krieges das Kloster wieder aufgebaut. Unter Abt Nikolaus Zandt, der 1730 bis 1746 Künstlerpersönlichkeiten wie Joseph Munggenast als Architekt und Paul Troger als Freskant ins Waldviertel holte, entstand im Wesentlichen das heutige Erscheinungsbild.

In der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts erreichte das Stift auch eine Größe von über 50 Chorherren. Diese Blüte wurde durch Kaiser Joseph II beendet, der das Stift Pernegg aufhob, die Zahl der Chorherren in Geras beschränkte. 1848 endete die Zeit der Grundherrschaft des Stiftes Geras und 1866 betraf auch der preußisch-österreichische Krieg das Kloster. Es folgten die Beschlagnahme durch die Nationalsozialisten, der Zweite Weltkrieg und die russische Besatzung, all diese Ereignisse belasteten das Stift Geras. Von 1990 bis 1994 wurden die Stiftsgebäude und -gärten grundlegend erneuert. Heute betreuen die Chorherren des Stiftes Geras 23 Pfarren in der direkten Umgebung, dazu weitere in der Diözese St. Pölten und der Erzdiözese Berlin.

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