Die Gobelsburg wurde wahrscheinlich im Jahre 1074 vom Stammvater der Kuenringer, Azzo von Gobatsburg, als wehrhafte Befestigung erbaut. Die erste gesicherte Erwähnung folgte 1114 mit Odelricus de Chobatispurc.

Seine Familie blieb bis zum Ende des 12. Jahrhunderts im Besitz der damaligen Feste, dann ging sie durch Heirat an die Herren von Feldsberg-Seefeld über. Eine Wehranlage wird hier 1214 erstmals urkundlich erwähnt. 1355 fiel die Herrschaft der Falkenberger als Erbe an die Wallseer. 1429 kaufte Otto IV von Maissau den Besitz und vermachte ihn 1440 Herzog Albrecht V. Dieser verpfändete Gobelsburg an Ulrich von Eitzing. Kaiser Maximilian I verkaufte die Herrschaft 1495 an Heinrich Prüschenk Freiherrn von Stettenberg.

Im 16. Jahrhundert erfolgte ein Neubau im Sinne der Renaissance. Von 1587 bis 1593 war Salomon Pfefferkorn von Ottobach der Inhaber von Gobelsburg. In der Folge wechselten sich zahlreiche Adelsfamilien im Besitz des Schlosses ab, bis es 1693 von Otto Ferdinand Freiherrn von Hohenfeld durch Erbschaft übernommen wurde. Otto Achaz Ehrenreich Graf Hohenfeld ließ das Gebäude 1725 umbauen und barockisieren. Sein Sohn Heinrich trat in das Zisterzienserstift Zwettl ein und verkaufte ihm 1746 die bereits schwer verschuldete Herrschaft. Als 1784 der Gutshof Kammern, der bis dahin als Verwaltungssitz des Stiftes für seine Weingärten diente, abbrannte, wurde dieser nach Gobelsburg verlegt, das nun als Wirtschaftshof diente.

In der Zeit nach dem Ersten Weltkrieg wurde im Gebäude ein Lehrlingsheim eingerichtet. Während des Zweiten Weltkrieges waren französische Kriegsgefangene in Schloss Gobelsburg einquartiert. Mangels Heizmaterial wurden die Fußböden verheizt und die Innenräume devastiert. Nach 1958 wurde es unter Pater Bertrand Baumann, der mit der Leitung des Gutes betraut war, gründlich renoviert. Ab 1966 diente es jahrzehntelang als Außenstelle des Österreichischen Volkskundemuseums, das hier seine Majolika-Sammlung zeigte. Noch vor dem Jahr 2000 wurde die Zusammenarbeit beendet. Gobelsburg wurde nun vornehmlich als Weingut des Stiftes Zwettl und für seinen ausgezeichneten „Messwein“ bekannt. Seit 1996 ist das Weingut verpachtet.

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