Die Gründungsurkunde, mit der Bischof Altmann von Passau das Chorherrenstift errichtete, ist vom 9. September 1083 datiert. In ihr wird dem Kloster eine Reihe von Pfarren übertragen. Die damit verbundenen Seelsorgeaufgabe blieb auch unter den Benediktinern bestehen, denen 1094 unter Bischof Ulrich I von Passau das Stift übergeben wurde. Aus der ersten Bauepoche im 12. Jahrhundert sind heute nur noch das Langhaus der Kirche, die Erentrudiskapelle und die "Burg" erhalten, aus der spätgotischen Bauepoche des 15. Jahrhunderts der Chor der Stiftskirche samt Krypta und Sakristeien und Flügel des Kreuzganges. Im Jahr 1401 erhielt das Kloster das Exemptionsprivileg.

Das ausgehende 15. und beginnende 16. Jahrhundert war von wirtschaftlichem Niedergang geprägt. Verschärft durch die Türkengefahr und Reformation wurde das Kloster von 1556 bis 1564 nur mehr durch einen Administrator geleitet. Der 1564 gewählte Abt Michael Herrlich musste ohne Konventualen beginnen. Trotz Großbrand 1580 und Pestepidemie 1596 konnte er seinem Nachfolger 1604 geordnete Verhältnisse hinterlassen. Nach dem Brand von 1718 unter Abt Gottfried Bessel ging der Neubau des Stiftes nach Plänen von Johann Lucas von Hildebrandt in den ersten Jahren zügig, dann immer schleppender voran, bis er nach 1750 ganz eingestellt wurde, sodass nur etwa zwei Drittel des Bauplanes umgesetzt wurden.

1939 wurde das Stift zugunsten der kreisfreien Stadt Krems enteignet. Das Stiftsgebäude diente nun als Umsiedlungs- und Kriegsgefangenenlager. Von 1943 bis 1945 war darin eine Nationalpolitische Erziehungsanstalt untergebracht. Zu Kriegsende wurde es verwüstet und eine Kaserne der sowjetischen Besatzungstruppen. Nach der Rückkehr des Konvents im August 1945 und dem Tod von Abt Hartmann Strohsacker drohte dem Kloster die Aufhebung, weil es mangels Eintritten und nach den zahlreichen Todesfällen in und nach den Kriegsjahren als nicht mehr lebensfähig angesehen wurde. Die Hauptlast der Restitution und des Wiederaufbaus trug Abt Wilhelm Zedinek. Von 1973 bis 2009 wurde das Kloster von Abt Clemens Lashofer geleitet. In seine Amtszeit fielen eine sukzessive Restaurierung, die Einrichtung des Exerzitienhauses St. Altmann (1983) und die des Jugendhauses (1999).

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