Die Burg trägt ihren Namen nach einem Herrn "Griffo", der vermutlich ein Ministeriale des Passauer Bistums und der Besitzer oder sogar Erbauer der Veste war. Der Zeitpunkt ihrer Errichtung liegt im Dunkeln. Man vermutet ihn im frühen 11. Jahrhundert. Urkundlich wird Greifenstein 1135 erstmals erwähnt. Der genannte Dietrich von Greifenstein war ein Dienstmann der Passauer Bischöfe.

Die Greifensteiner sind bis 1358 urkundlich nachweisbar, doch wurde ihre Stammburg bereits 1146 an Otto Graf von Machland verliehen. In den nächsten hundert Jahren wurde sie mehrfach verpfändet und dazwischen von Passauer Ministerialen verwaltet. 1247 ließ Bischof Rüdiger von Passau die Anlage ausbauen. 1461 wurde die Burg von Gamareth Fronauer eingenommen und in Brand gesetzt.

Zwei Jahre später war der Wiederaufbau beendet, doch wurde sie bereits 1477 von den Ungarn unter Matthias Corvinus besetzt. Beide Besetzungen werden aber von manchen Historikern bezweifelt. Sicher ist aber dass Greifenstein von 1485 bis 1490 zum ungarischen Machtbereich gehörte. Als es 1529 den Türken gelang, die Burg einzunehmen, wurde sie danach zwar erneuert, hatte aber keine militärische Bedeutung mehr. Gegen Ende des 16. Jahrhunderts erfolgte ein Ausbau der Wehreinrichtungen. Noch 1670 wurden neue Außenwerke geschaffen. Die Burg war bis 1770 bewohnt, danach setzte der Verfall ein. Durch die Säkularisierung gelangte Greifenstein 1803 an den österreichischen Staat und wurde zur öffentlichen Versteigerung ausgeschrieben. 1807 erwarb Fürst Johann I von und zu Liechtenstein im Zuge einer Versteigerung die Ruine. Er ließ sie bis 1818 teilweise wieder aufbauen und bewohnbar machen.

Fürst Johann II war an der Burg nicht sehr interessiert, so dass sich deren Bauzustand verschlechterte. 1900 kam es zu einer bereits dringend notwendigen Sanierung. 1918 ging Greifenstein in bürgerlichen Privatbesitz über. Auf Hugo Kostenitz folgte 1931 Maximilian Mautner. 1931 gründete er einen Vorläufer des Österreichischen Burgenvereins. Auf Greifenstein ließ er einige bauliche Veränderungen vornehmen. Am Ende des Zweiten Weltkrieges erlitt die Burg neuerlich schweren Schaden. 1960 ging Greifenstein durch Verkauf an Dr. Johannes Hübner über, der sie anschließend umfassend restaurieren ließ. Seit einem Großbrand im Jahr 2006 ist die Burg für Besucher nicht mehr zugänglich.

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