Um 1055 wurde Gaubtisch-Krut als Doppelpfarre vom Bistum Passau gegründet. 1055 findet sich die erste Nennung des Ortes in einer kaiserlichen Urkunde Heinrichs III. Es wird angenommen, dass im späten 11. Jahrhundert am Kirchhügel innerhalb einer gemeinsamen Ringmauer sowohl die Kirche als auch eine Burg gestanden hat. Nach Volksmeinung bestand diese Anlage noch in der Zeit Rudolfs von Habsburg.

Als König Rudolf von Habsburg 1280 die ganze Anlage seinem von ihm gegründeten Dominikanerkloster in Tulln übereignete, wurde der Wehrcharakter des Burggebäudes absichtlich zum Verschwinden gebracht, es wurde aber weiterhin als Stiftshof verwendet. Erst die Wirren des 15. Jahrhunderts führten zu einer neuerlichen Verteidigungsbereitschaft. 1497 wurde an die Kirche der starke Wehrturm angebaut. Der viereckige Unterbau hatte zwischen Kirche und Klosterhof einen Hocheinstieg und einen Übergang. Damals wurde auch der Klosterhof soweit erneuert, dass Großkrut 1663 als Zufluchtsort bestimmt werden konnte. Zwischen 1850 und 1854 wurde die Wehrmauer um die Kirche abgetragen.

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