Als erste Besitzer der Herrschaft sind die Ruckendorfer bekannt. 1295 verpfändete Ulrich von Ruckendorf sein Drittel an der damaligen Burg dem Eberhard von Wallsee. Guntersdorf war zu dieser Zeit ein Lehen des Stiftes Melk.

Eberhard von Wallsee gelang es nach und nach auch den Rest zu erwerben, so dass er 1314 mit der gesamten Herrschaft belehnt wurde. 1336 eroberte der böhmische König Johann für wenige Monate Guntersdorf. Die Wallseer blieben bis 1476 im Besitz von Guntersdorf. Da sie nicht hier wohnten, setzten sie meist Burggrafen als Verwalter ein. 1415 hatte Herzog Albrecht V die Herrschaft mit der Blutgerichtsbarkeit ausgestattet. Reinprecht V von Wallsee verkaufte Guntersdorf an Ulrich Rechlinger, der aber bald verstarb.

1498 belehnte der Abt von Melk Kaspar von Roggendorf mit der Burg. Als Erbauer des heutigen Schlosses ist Georg von Roggendorf anzusehen, der 1536 die mittelalterliche Burg in ein wohnliches Renaissanceschloss verwandeln ließ. Ab 1538 war es freies Eigen, da das Stift auf die Lehenshoheit verzichtet hatte. 1546 wurde das hochverschuldete Guntersdorf an den Freiherrn Johann von Weisspriach verkauft. Durch Heirat seiner Tochter gelangte es an Christoph von Teufel. Seit 1703 ist das Schloss im Besitz der Freiherren von Ludwigstorff. Die Verwüstungen der Besatzungszeit nach dem Zweiten Weltkrieg konnten erst nach Jahrzehnten behoben werden. Das Schloss dient als Wohnung und Verwaltungszentrum des angeschlossenen Gutsbetriebes.

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