Kaiser Heinrich III befahl im Jahr 1050 die Errichtung einer Reichsburg über der Stadt. Die Burg wurde um 1060 Gefolgsleuten der Diepoldinger als Lehen übergeben. Herzog Leopold VI lies zwischen 1190 und 1240 einen in mehreren Phasen repräsentativen Ausbau durchführen. 1226 übergab er die Burg seiner Gattin Theodora. 1248 wurde die Burg Wohnsitz der Schwester Friedrichs II, Margarethe. Nach seinem Tod heiratete Ottokar II Przemysl 1252 die 41-jährige Babenbergerin. Auf ihn gehen die Ausbauarbeiten des Wohnturmes im Jahr 1260 zurück. 1282 gelangte die Hainburg in den Besitz der Habsburger, die sie von Hauptleuten verwalten ließen.

Seit der Mitte des 14. Jahrhunderts war die Burg fast immer verpfändet. Als Pfandherren scheinen u. a. die Dörr von Deutsch-Altenburg, die Enzersdorfer von Röthelstein und die Kranichberger von Petronell auf. Im ersten Bruderkrieg zwischen Friedrich und Otto, gelang es letzterem sich in den Besitz von Hainburg zu setzen. In den Jahren zwischen 1376 und 1382 fanden umfassende Baumaßnahmen statt. Ulrich von Eytzing, der den Adelsaufstand gegen Kaiser Friedrich III anführte, verwüstete 1452 die Burg. 1482 wurde die Burg vom ungarischen König Matthias Corvinus eingenommen. Dieser ließ die schwer beschädigte Festung erneuern und ausbauen. Erst 1490 gelang es Maximilian I Hainburg wieder einzunehmen.

1514 wurde die Herrschaft an die Zelkinger verpfändet. Seit damals wurde die Hainburg nicht mehr als Residenz benutzt und begann zu verfallen. 1529 verwüsteten die Türken unter Sultan Soliman die Burg. Ab 1554 kam es zu massiven Ausbauten der Zwingeranlagen. 1683 gelang es den Türken neuerlich die Burg zu stürmen. 1703 verkaufte Kaiser Leopold I die Burg an den Grafen Johann Jakob von Löwenburg. Im 18. Jahrhundert war die Burg als Wehrbau endgültig wertlos geworden und wurde dem Verfall überlassen. 1852 ging die Ruine wieder in Staatsbesitz über. Ab 1935 fanden Restaurierungsarbeiten an der Ruine statt. Heute gehört die Ruine der Stadtgemeinde Hainburg.

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