Die Burg auf dem Johannesberg wird 1162 als "novum castrum Hadmarstain" erstmals urkundlich genannt. Ihr Erbauer war der Kuenringer Hadmar II. Verschiedene Meinungen sprechen für eine Aufgabe der Burg nach der Gründung der neuen Herrschaftszentren in Altweitra bzw. Weitra, andere für eine Zerstörung der Burg während der Adelsaufstände des ausgehenden 13. Jahrhunderts. Der Burgstall der öden Burg wird 1319 durch die Herrn von Buchberg dem Stift Zwettl geschenkt. Das Stift ließ auf den Mauerresten ein kleines, in Tradition der ehemaligen Burgkapelle weiter bestehendes Kirchlein erbauen, welches 1381 als Filiale der Pfarre Großschönau genannt wird. Um die Mitte des 17. Jahrhunderts wurde das Kirchlein erweitert.

Archäologische Untersuchungen aus 1991 erbrachten Hinweise, dass der heutige Kirchenbau Mauern eines hochmittelalterlichen Vorgängerbaus enthält, im Chor wurden Reste einer vorhergehenden Apsis freigelegt, im Norden des Plateaus wurden Reste eine Mauer annähernd in Nord-Süd-Richtung festgestellt, welche als ehemalige Ringmauer angenommen werden kann. Auf der Felskuppe südlich der Kirche sind Ausstemmungen von ehemaligen Holzgebäuden erhalten geblieben. Das Fundmaterial kann für das 12. und 13. Jahrhundert datiert werden, weiteres Fundmaterial im gesamten Areal wurde für das 14. und 15. Jahrhundert datiert.

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