Man nimmt an das Herrand von Falkenstein zu Beginn des 12. Jahrhundert die kleine romanische Burg erbaute und ihr auch seinen Namen gab. In einer Urkunde des Stiftes Göttweig aus dem Jahre 1125 wird ein "nobilis Reginoldus de Herrandistein" erwähnt.

Der Hernsteiner Graf Chuno verkaufte 1245 seinen gesamten Grundbesitz dem Stift Freising. Als Bischof Konrad um 1265 auf Hernstein einen Verwalter einsetzte, bemächtigte sich Euphemia von Pottendorf, eine Nichte des mittlerweile verstorbenen Grafen Chuno, der Burg. Trotz klarer Rechtslage und eifrigem Prozessieren der Freisinger behielten sie die Pottendorfer bis 1380. Damals kaufte Herzog Albrecht III die Herrschaft.

In der Folge ließ er sie von Pflegern verwalten oder verpfändete sie gelegentlich. Um 1515 wurde Hernstein mit Starhemberg vereinigt. Die nächsten 400 Jahr hatten beide Burgen die gleichen Besitzer. Während Starhemberg ausgebaut wurde, verfiel Hernstein jedoch bald und wurde schon nach kurzer Zeit als "ödes Schloss" bezeichnet. Als 1955 die Erste Österreichische Sparkasse Schloss Hernstein übernahm, erhielt sie als Zugabe auch die Burgruine. Seit 1963 gehören beide Objekte der Kammer der Gewerblichen Wirtschaft für Wien.

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