Am 18. August 1112 gründete Bischof Ulrich von Passau im damaligen Mündungsgebiet der Traisen in die Donau ein Stift für Augustiner-Chorherren. Im Jahre 1244 wurde das Kloster aufgrund dauernder Überschwemmungsgefahr und des ungesunden Sumpfklimas nach Herzogenburg verlegt. An den alten Standort erinnert nur mehr der Name der Ortschaft "St. Georgen", gelegen bei Traismauer.

Im 16. Jahrhundert vernichtete ein Großbrand sowohl den Oberen als auch den Unteren Markt von Herzogenburg. Propst Georg Eisner und seine Nachfolger stellten die Stiftsanlage wieder her. In der Reformation sank die Zahl der Konventsmitglieder drastisch. Bald nach der Überwindung dieser Glaubenskrise wurde das Stift durch die Türkeneinfälle bedroht, jedoch konnten diese im Jahre 1683 durch die Stadtbevölkerung unter der Führung des Chorherren Gregor Nast erfolgreich abgewehrt werden. Ab 1714 wurde das Stift Herzogenburg durch Jakob Prandtauer, Johann Bernhard Fischer von Erlach und Joseph Munggenast barockisiert.

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