Mit Hermann von Stein wird die Burg 1140 erstmals urkundlich erwähnt. Er stammte von den Grafen von Poigen-Rebgau ab. 1173 nannte sich sein Sohn Graf Gebhart erstmals nach Hohenegg.

Als die hier ansässigen Grafen um 1188 ausstarben, kam die Feste an einen Zweig der Grafen von Hohenburg. Die letzte Hohenburgerin brachte Hohenegg in die Ehe mit Diepold Markgraf von Vohburg ein. Um 1210 wurde das landesfürstliche Lehen an Rudolf von Pottendorf vergeben. 1358 erwarb Reinprecht von Wallsee die Herrschaft, der sie von Pflegern verwalten ließ. 1463 dürfte Matthäus Spaur im Auftrag der Wallsee größere Ausbauten durchgeführt haben. Im Jahr darauf kaufte er die Anlage.

1548 veräußerte Christoph von Spaur die Burg an Ludwig von Kirchberg auf Viehofen. 1579 erwarb Ritter Albrecht Enenkel von Albrechtsberg/Pielach die Burg und ließ in den Jahren 1584 bis 1594 in ein Renaissanceschloss umbauen. Allerdings dürfte dieses 1606 an die Familie Mamming übergegangen sein. In den nächsten Jahren wechselte Hohenegg mehrfach die Besitzer, bis es 1631 Freiherr zu Hartenstein an die Gräfin Barbara Montecuccoli verkaufte. Ihr Gatte Hieronymus konnte das bisherige Lehen in Eigenbesitz umwandeln. Fürst Raimund Montecuccoli ließ Hohenegg wieder ausbauen. Er errichtete die Vorburg und den siebengeschossigen Glockenturm.

Graf Zeno Montecuccoli übersiedelte 1756 ins Schloss Mitterau, somit wurde Hohenegg nur mehr für gelegentliche Jagdaufenthalte verwendet. Wegen der Dachsteuer ließ sein Sohn Peregrin ab 1787 die Vorburg abtragen und später die Dachziegeln der Burg verkaufen. Die unbewohnte Burg wurde nun dem Verfall überlassen. Um 1970 begannen Anton Oezelt und Walter Schoderbeck mit der Renovierung der Ruine. Zahlreiche Helfer beteiligten sich an der Sanierung. Die Betreuung der Ruine Hohenegg obliegt heute dem Verein Burg Hohenegg.

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