Die Burg wurde im 12. Jahrhundert erbaut. 1156 wird erstmals ein "Reinpreht de Hohinstaine" urkundlich erwähnt. Zwischen 1205 und 1220 werden die Brüder Hugo von Rastenberg und Konrad von Hohenstein erwähnt, sowie zwischen 1265 und 1284 mehrfach Albero von Hohenstein und sein Bruder Otto von Rastenberg.

Die Hohensteiner die ab 1200 als "Nebenlinie" der Herrn von Ottenstein-Rastenberg anzusehen sind, werden bis 1391 mehrfach in Urkunden genannt. 1377 wird in der Burg eine Kapelle erwähnt. 1391 verpfändet Hans von Hohenstein die Burg an Konrad von Lichtenegg. 1429 wird sie als "castrum" genannt. 1430 gelangt der Besitz an die Starhemberg. Die Burg wird bereits 1456 als öde bezeichnet. Zwischen 1570 und 1606 waren die Herrn von Landau die Besitzer von Hohenstein.

Anschließend folgte Georg Rattenberger als Eigentümer. 1675 ist Hohenstein im Besitz der Herrn von Weixelburg. 1698 folgte ihnen Ferdinand Franz von Enkevoerts und 1725 die Freiherrn von Gudenus. Die Familie ist noch heute im Besitz des Gutes.

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