Die Burg dürfte um die Mitte des 12. Jahrhunderts erbaut worden sein. Hier saß ein Ministerialengeschlecht der Babenberger. Bei den Herren von "Chiowe" dürfte es sich um eine Nebenlinie der Kuenringer gehandelt haben.

1360 verkaufte Niklas von Kaja den Stammsitz seiner Familie an den Habsburger Herzog Rudolf IV. Dieser vergab ihn 1376 als Pfand an die Grafen Maidburg-Hardegg. Diese wohnten nicht hier und so gelang es Johann und Heinrich von Lippa gegen Ende des 14. Jahrhunderts die Burg einzunehmen. Bald danach hatte Kaja den Ruf einer Raubritterburg. Um 1425 kam es zur Eroberung und Zerstörung durch die Hussiten. Gegen 1430 wurde Ulrich von Eytzing mit der Herrschaft belehnt. Der Wiederaufbau der Burg wurde von Herzog Albrecht V teilweise finanziert.

Damals erhielt sie durch die Anlage der Vorburg und anderen Erweiterungen ihre heutige Gestalt. 1588 erbten die späteren Fürsten Trautson den Besitz. Da man damals bereits in die Talschlösser gezogen war, verfiel die Burg allmählich. Der Dreißigjährige Krieg tat ein Übriges. 1781 kam Kaja an Ludwig von Hacqué, der es noch im gleichen Jahr an Maria Josefa Gräfin von Auersperg verkaufte. 1945 gelangte die Ruine an die Grafen Waldstein-Wartenburg, denen sie noch heute gehört. Seit 1969 kümmert sich ein Verein, der die Anlage gepachtet hat, um ihre Sicherung und Erhaltung. In einem benutzbar gemachten Teil der Anlage wurde ein kleines Museum eingerichtet.

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