Um die Mitte des 12. Jahrhunderts errichteten die Herren von Kuenring die kleine Burg. Einer ihrer Gefolgsleute wurde mit der Verwaltung belehnt. 1172 wird der Wehrbau erstmals genannt. Die Herren von Kirchberg scheinen bis zu ihrem Aussterben im Jahr 1483 immer wieder urkundlich auf. Die Witwe des letzten Kirchbergers brachte die Herrschaft in ihre zweite Ehe mit Christoph von Hohenfeld ein. Dessen Nachkommen besaßen die Burg bis 1555. Danach folgten die rasch wechselnden Besitzer Marquard von Kuenring, Oswald von Eytzing und Rüdiger von Starhemberg. 1562 wurde Kirchberg an die Herren von Sonderndorf verkauft. Diese ließen gegen Ende des 16. Jahrhunderts die mittelalterliche Burg in ein wohnlicheres Schloss verwandeln.

Sabine von Sonderndorf heiratete Ernst Freiherr von Kollonitsch, wodurch Kirchberg 1607 an dessen Familie kam. 1619 fand eine vergebliche Belagerung durch ungarisch-polnische Truppen statt. Größere Schäden richtete aber der zwei Jahre später erfolgte Angriff böhmischer Rebellen an, wobei das Schloss in Brand gesetzt wurde. Leopold Karl Graf Kollonitsch und sein Bruder Georg Wilhelm verstarben 1707, worauf die Herrschaft durch Heirat der Erbin an Johann Leopold Graf Kuefstein gelangte. Nun begann der Barockumbau, den auch der nächste Besitzer Graf Julius Veterani-Mallenthein ab 1752 fortsetzte. 1828 kaufte Graf Maximilian d’Orsay das Schloss, gab es aber bereits fünf Jahre später an Peter Ludwig Johann Herzog von Blacas d’Angoulème weiter.

Herzog Stanislaus von Blacas-Angoulème verkaufte das Schloss 1869 an Anton Fischer Ritter von Ankern. Seiner Familie gehört es heute noch. Wie fast alle Schlösser des Waldviertels hatte auch Kirchberg gegen Ende des Zweiten Weltkrieges und in der Zeit danach schwer zu leiden. Von 1974 bis 1975 wurde die Anlage restauriert.

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