Im Jahre 1146 schenkte Chadolt von Zogelsdorf jenen Teil seines Besitzes, der in der heutigen Kommende Mailberg lag, dem damals noch jungen Johanniter-Orden. Diese Schenkung bildete den Grundstock der heute weltweit ältesten im Ordensbesitz befindlichen Kommende des Souveränen Malteser-Ritter Ordens, wie der Johanniterorden seit dem 16. Jahrhundert genannt wird.

Es gab jedoch auch immer wieder schlechte Zeiten für die Ordensritter. 1336 fiel Johann von Böhmen ins Pulkautal ein. Mailberg wurde erobert und vorübergehend mit einer Besatzung belegt. 1402 hauste der Söldnerführer Johann von Lamberg in den Besitzungen des Ordens, die ab 1425 unter den Hussiten neuerlich schwer zu leiden hatten.

1477 wurde Mailberg von den Truppen des ungarischen Königs Matthias Corvinus besetzt. Er gab es trotz einer Aufforderung durch Papst Sixtus IV bis zu seinem Tode nicht mehr heraus. Danach fiel die Herrschaft an Kaiser Friedrich III. Der Streit wurde erst durch Kaiser Maximilian I beigelegt, der Mailberg den Johannitern zurückgab. Während der Reformation verfiel das Schloss mit den Konventsgebäuden und der Kirche. Erst der Komtur Karl Tettauer von Tettau begann das bisher klosterähnliche Ordenshaus 1594 in ein Schloss der Spätrenaissance umzuwandeln, nachdem er den alten Bau weitgehend abgerissen hatte. Sein Nachfolger Graf Sternberg ließ ab1609 die Arbeiten soweit fortsetzen, dass die Räume bewohnt werden konnten.

1650 war die Herrschaft so schwer verschuldet, dass es zur Exekution kam und sie an Wenzel Freiherrn von Hegenmüller verpachtet wurde. Besser wurde die Lage erst, als 1658 der Orden wieder seinen Besitz zurück bekam und Leopold Graf Kollonitsch Komtur wurde.1745 wurde Anton Graf Colloredo Komtur. Er ließ das bereits etwas herabgekommene Schloss ab 1752 um- und ausbauen. 1788 äscherte ein Großbrand fast den ganzen Markt und das Schloss ein. Die Wiederaufbauarbeiten zogen sich jahrelang hin. 1945 wurde das Schloss ausgeplündert und verwüstet. Nach der Wiederinstandsetzung wurden Teilbereiche des Schlosses einer touristischen Nutzung zugeführt.

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