Die befestigte Stadt Marchegg wurde 1268 von König Przemysl Ottokar als "Marchekke" an der Mündung des Mühlbachs in die March als Bollwerk gegen die Magyaren gegründet. Im 13. Jahrhundert entstand innerhalb der Marchegger Stadtbefestigung, an Stelle einer früheren Wallanlage, eine Wasserburg, die 1344 erstmals urkundlich erwähnt wird. 1426 wurden Stadt und Burg von den Hussiten erobert. Unter ihren rasch wechselnden Besitzern sind vor allem die zwei Namen Salm und Pálffy zu erwähnen. Niklas Graf Salm hielt die Herrschaft als Pfandbesitz seit 1502. Die Stadt Marchegg wurde von den vordringenden Türken niedergebrannt, doch konnten sie die Burg nicht einnehmen.

Zu Beginn des 17. Jahrhunderts verwüsteten ungarische Rebellen neuerlich die Stadt. 1621 übergab Kaiser Ferdinand II die Herrschaft Graf Paul Pálffy von Erdödy, pfandweise. Zwei Jahre später befand sie sich bereits in seinem Eigenbesitz und blieb über Jahrhunderte hinweg im Fürstengeschlecht der Pálffy von Erdödy. Die laut einer Urkunde 1268 in Form eines Vierecks angelegte Ringmauer mit ursprünglich drei Toren (Wienertor im Westen, Ungartor im Osten, Hainburgertor im Süden) und der mächtigen Stadtburg in der Nordwestecke ist bis auf den nördlichen Teil in weiten Teilen erhalten. Die drei viereckigen Torbauten sind bis auf das im Jahr 1900 geschleifte Hainburgertor ebenfalls in Resten erhalten.

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