Gegen Ende des 1. Jahrhunderts wurde das erste römische Lager von Mautern (Favianis) unter Kaiser Domitian gegründet. Im 2. Jahrhundert erfolgte der Umbau des Holz-Erde-Lagers zu einem Steinlager. Um das Jahr 300 wurden die Donauprovinzen verstärkt gesichert, eine neugeschaffene Legion wird in Favianis-Mautern stationiert.

Im 4. Jahrhundert wurden mit Rücksicht auf die neuen militärischen Erfordernisse und technischer Neuerungen am Kastell größere bauliche Veränderungen vorgenommen. 893 kommt die einstige Siedlung Favianis in den Besitz des Stiftes Kremsmünster. 899 erfolgte die erste Nennung Mauterns in den Fuldner Annalen als "Civitas Mutarensis".

903 wurde Mautern in der Raffelstetter Zollordnung als letzte Zollstation gegen Osten genannt. 985 kommt Mautern in den Besitz des Bistums Passau. 1276 erteilte Rudolf von Habsburg Mautern die Privilegien der bürgerlichen Freiheit, das Befestigungsrecht und die hohe Gerichtsbarkeit. 1734 wurde die passauische Herrschaft Mautern an Friedrich Karl Graf von Schönborn verkauft.

Das Kastell Mautern war Teil der Sicherungsanlagen des römischen Donaulimes in Österreich. Es diente zuerst wahrscheinlich als Reiterlager, in der Spätantike auch als Stützpunkt der Donauflotte und war vermutlich vom 1. bis ins 5. Jahrhundert kontinuierlich mit römischen Truppen belegt. Das erstmals in der "Notitia Dignitatum" erwähnte, aber wahrscheinlich bereits seit der frühen Kaiserzeit bestehende Lager konnte archäologisch eindeutig nachgewiesen werden. Das Kastell ist heute fast komplett durch die Altstadt überbaut, seine Umrisse sind aber noch immer im Straßenraster auszumachen. Bedeutende Reste des spätantiken Kastells haben sich vor allem am westlichen Abschnitt der mittelalterlichen Wehranlagen und in der Margaretenkapelle erhalten.

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