Die ehemalige "Eisenburg" dürfte im 10. Jahrhundert als Babenbergerburg erbaut worden sein. Leopold I wurde 976 mit dem Gebiet des heutigen Südwesten Niederösterreichs als Markgraf belehnt, machte die Burg in Melk zu seiner Residenz. Im Jahre 996 wird erstmals in einer Urkunde der Name “Ostarrichi” (Österreich) erwähnt. Als mögliche Mitbesitzer in der 2. Hälfte des 10. Jahrhunderts werden das fränkische Kloster Herrieden und das Reich angesehen. Anfang des 11. Jahrhunderts ist Melk Sitz des Marktgrafen Heinrich. Nach der klösterlichen Überlieferung soll die Gründung eines Priesterkollegiums bereits unter ihn erfolgt sein. Vermutlich bestand das frühe Kollegium parallel zur Burg.

1089 übergab Markgraf Leopold II die Burg Benediktinermönchen aus Lambach. Ab 1089 wird das Stift in ein Benediktinerkonvent umgewandelt, dieser Prozess wird durch das Papstprivileg von 1110 abgeschlossen. Nach der Hauschronik wurde das Kloster 1113 durch Bischof Ulrich von Passau geweiht, wobei über die landesfürstlichen Dotationen durch Leopold III bis 1119 verhandelt wurde. Daher ist spätestens in den 20er Jahren des 12. Jahrhunderts mit dem Ende des Babenbergersitzes zugunsten des Klosters zu rechnen. Bis heute leben und wirken hier in ununterbrochener Folge Mönche nach der Regel des heiligen Benedikt.

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