Die Burg Merkenstein wurde im 12. Jahrhundert errichtet. 1141 scheint erstmals ein Hugo von Merkenstein auf. 1180 findet sich ein Brief den Siboto von Hernstein an seinen Lehensmann Ortwin von Merkenstein sandte. Bis etwa 1322 saßen die Merkensteiner auf der Burg. Danach folgte Otto von Gerlos. Nach Konrad von Werd kamen die Wallseer, die fast 100 Jahre Merkenstein besaßen und die Anlage vergrößern ließen. Durch Schulden und familiäre Streitigkeiten mussten sie die Herrschaft 1440 an Stephan von Hohenberg abgeben. In den Kämpfen zwischen Kaiser Friedrich III und den Ungarn, wechselten die Hohenberger mehrmals die Seiten. Zwei Jahre später versöhnte sich der Burgherr mit dem Kaiser und verkaufte ihm die Veste.

Sie blieb nun landesfürstlich und wurde von Pflegern verwaltet. 1486 fiel König Matthias Corvinus in Niederösterreich ein und Merkenstein wurde neuerlich belagert, aber diesmal auch eingenommen. Nach dem Tod des ungarischen Königs fiel die Burg wieder an die österreichische Krone. Den Türkeneinfall von 1529 überstand die Burg ohne allzu große Schäden. Das Türkenjahr 1683 überlebte sie aber nicht. Die Anlage, die 1672 von den Heißpergern an die Familie Dietrichstein übergegangen war, wurde von einer türkischen Streifschar erstürmt und niedergebrannt. Nach der Vertreibung der Osmanen wurde der Verwaltungssitz nach Gainfarn verlegt und die Burg ihrem Schicksal überlassen.

Die Familie Dietrichstein besaß Merkenstein bis 1829. Danach kamen die Grafen Münch-Bellinghausen, dann die Freiherren von Brenner-Felsach und die Firma Leopold Kern sowie die Creditanstalt-Bankverein. Von 1939 bis 1945 gehörte die Herrschaft der Familie Krupp. Bis 1955 wurde sie von der russischen Besatzungsmacht genutzt. Danach kam die Ruine mit dem Waldbesitz an die Republik Österreich und wurde durch die Österreichischen Bundesforste verwaltet.

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