Im Hochmittelalter gehörte die Mollenburg zu Weitenegg der Grafen von Peilstein-Tengling und wurde von einem ihrer Gefolgsleute bewohnt. Um die Mitte des 13. Jahrhunderts waren hier die Herren von Werd-Capellen ansässig, die sich ab dem Beginn des 14. Jahrhunderts auch als Herren von Mollenburg bezeichneten.

Da sich der Burgherr am großen Adelsaufstand der Kuenringer gegen Herzog Albrecht I beteiligt hatte, wurde die Mollenburg gegen Ende des 13. Jahrhunderts zerstört. Mit Konrad den Werder von Malemberch wird die Burg 1303 erstmals urkundlich genannt. 1307 verkaufte dieser die Herrschaft seinen Schwager, einen Herrn von Streitwiesen. Unter Johanna von Streitwiesen wurde der Wiederaufbau der Burg abgeschlossen.

Ihr zweiter Gatte, Reinprecht von Ebersdorf, erbte den Besitz. Da dieser nicht hier wohnte, beauftragte er den Richter und Rat zu Weiten mit der Burghut. 1486 verkauften die Ebersdorfer die Mollenburg an Kaspar von Rogendorf. Er ließ die Befestigungen verstärken und das Innere wohnlicher gestalten. Unter Kaiser Karl V wurde das bisher landesfürstliche Lehen in Eigenbesitz umgewandelt. Als Christoph Freiherr von Rogendorf sich in die Türkei absetzte, wurde 1546 Mollenburg konfisziert und an die Familie Geyer von Osterburg verkauft. Diese baute die Burg in ein wehrhaftes Renaissanceschloss um. 1558 ist Samson Prätzl als Eigentümer vermerkt.

Es folgte 1577 Kaspar von Lindegg, dessen Nachkommen den Besitz 1839 an Kaiser Ferdinand I veräußerten. 1844 wurde das Schloss letztmals restauriert. Um die steuerliche Belastung zu reduzieren wurde es bereits 1860 durch den Verwalter Johann Niedermaier zur Ruine gemacht. 1920 übernahm der Kriegsgeschädigtenfonds den Besitz. 1945 wurde die Burg von den Russen beschlagnahmt. 1956 übernahmen die Österreichischen Bundesforste die Verwaltung. Der Wiener Stadtrat Dr. Jörg Mauthe kaufte 1975 die Ruine und ließ sie teilweise restaurieren. In der Vorburg wurden einzelne Gebäude wieder bewohnbar gemacht. Die Mollenburg gehört auch heute noch seiner Familie.

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