Die Gegend um Niederabsdorf gelangte 1045 und 1048 durch Königsschenkungen in den Besitz des bayrischen Benediktinerstiftes Niederaltaich. Zunächst wurden Angehörige aus der Familie der Formbacher als Vögte eingesetzt. Deren Nachfolger im 13. Jahrhundert waren die Streun von Falkenstein. 1232 scheinen die Herren von Krumbach und dann bis 1312 die Tursen von Rauheneck als Vögte auf. Als Gutsverwalter wird 1303 in einem Urbar Dietricus de Abstorf genannt. 1312 übernahm der Hofmarschall Dietrich von Pillichsdorf das Amt des Klostervogtes.

1406 wurden die Liechtensteiner damit betraut. Sie dürften eine Erweiterung der bisher eher bescheidenen Wehranlage durchgeführt haben. Um 1524 wird erstmals ein Schloss urkundlich erwähnt. Drei Jahre später verkaufte es das Kloster an Wolf Fazi. Dieser errichtete um 1604 das Neuschloss. 1615 kaufte Ferdinand Haitzing den Besitz, doch konnte er weder den Kaufpreis voll erlegen. Niederabsdorf kam zuerst an Maximilian Fürenz und dann an die Familie Althan. 1663 war das Schloss noch gut bewehrt und wurde daher als Zufluchtsort für die Zivilbevölkerung in Kriegszeiten bestimmt. Von Graf Otto Ferdinand von Hohenberg gelangte Niederabsdorf 1691 neuerlich an die Fürsten Liechtenstein. Es wurde bis heute meist verpachtet. 1844 richteten die Pächter im Schloss eine Zuckerfabrik ein, wodurch es völlig seinen herrschaftlichen Charakter verlor.

Der stark herunter gekommene Bau wird auch heute noch vorwiegend landwirtschaftlich genutzt. Daneben wird ein Reitstall betrieben. Das einstige Schloss macht eher den Eindruck eines Kolchosengebäudes als den eines einstigen Herrensitzes. Bewohnt wird nur mehr der zum ehemaligen Park gerichtete Südosttrakt. Die Gesamtsituation lässt eine hausbergartige Burganlage erkennen, in deren Bestandszeitraum die Errichtung und Ummauerung der Kirche zu setzen ist. Der ehemalige hochmittelalterliche Sitz könnte folglich wohl anstelle des Schlosses als relativ ausgedehnte Burganlage rekonstruiert werden.

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