Ein Otto von Leis wird zwischen 1249 und 1258 einige Male als Zeuge in Zwettler Urkunden erwähnt. Der ungefähr gleichzeitig auftretende Albero von Leis war ein Gefolgsmann von König Ottokar II. Von einem Wehrbau wird erst 1309 urkundlich berichtet. Auch im 14. Jahrhundert sind noch einige Herren von Leis nachweisbar. Friedrich Helphant und sein Bruder Jans werden um 1341 als Herrschaftsinhaber vermutet, da sie in dieser Zeit Urkunden in Niederleis ausstellten.

In der ersten Hälfte des 15. Jahrhunderts könnten die Polheimer und die Fritzendorfer hier Grundherren gewesen sein. Gegen Ende des 15. Jahrhunderts wurde Wolfgang von Ludmannsdorf von Kaiser Friedrich III mit der Herrschaft belehnt. Durch Erbschaft bzw. Heirat dürfte der Besitz etwas aufgesplittert worden sein. So besaß die auf Göllersdorf sitzende Familie Puchheim 1545 ein Viertel am Schloss Niederleis. 1572 gehörte es der Familie Maschko. Sie wird auch als Bauherr der heutigen Schlossanlage vermutet. 1620 wurde die Herrschaft konfisziert und kam im folgenden Jahr an Seifried Breuner. Durch Erbschaft gelangte Niederleis an Christoph Ferdinand Poppel von Lobkowitz. Im Dreißigjährigen Krieg wurde das Schloss 1645 von den Schweden beschossen und schwer beschädigt. 1651 verkaufte Christoph Ferdinand Niederleis dem Kloster Heiligenkreuz, das größere Umbauten am bereits stark vernachlässigten Schloss vornahm.

Da die Türkengefahr immer bedrohlicher wurde, legte man auch auf den Ausbau der Verteidigungseinrichtungen großen Wert. 1683 wurde das Wasserschloss für die umliegende Bevölkerung als Zufluchtsstätte bestimmt. 1867 erwarb Graf Maximilian von Wallis die Herrschaft. 1928 erbte Anna Gräfin Schaffgotsch Schloss und Gut Niederleis. Von 1945 bis 1955 befand sich beides unter Verwaltung der russischen Besatzungsmacht. In dieser Zeit wurde das Gebäude weitgehend ausgeplündert. Nach Abschluss des österreichischen Staatsvertrages wurde es der Familie Schaffgotsch wieder zurückgegeben. Seit den 80er Jahren des 20. Jahrhunderts wurde das Schloss umfangreich renoviert und auch der historische Wassergraben wiederhergestellt. Heute ist der Rittersaal des Schlosses ein beliebter Veranstaltungsort für Konzerte, Hochzeitstafeln und Bälle. Ebenso steht das Schlossmuseum zur Besichtigung offen.

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