Das Gebiet um Peigarten wurde im 11. Jahrhundert durch die Herren von Raabs kolonisiert. Die einstige Burg war Teil eines vorwiegend im 12. Jahrhundert errichteten Burgengürtels entlang der Thaya.
Gegen Ende des 12. Jahrhunderts soll Hadmar II von Kuenring-Weitra Güter in Peigarten besessen haben. Wer die erste Burg hier errichten ließ, ist aber nicht bekannt. 1201 werden Konrad und Eberhard von Pigarten genannt. Zu diesem Zeitpunkt muss also bereits ein Adelssitz in irgendeiner Form existiert haben. Die Herren von Peigarten waren damals Ministeriale des Grafen Gebhard von Hirschberg. Im 13. und 14. Jahrhundert treten sie mehrfach als Zeugen urkundlich auf.
Im 14. Jahrhundert kam es zu mehrfachen Überfällen böhmischer Truppen. Die Herren von Peigarten dürften um 1375 ausgestorben sein. Gegen Ende des 14. Jahrhunderts verkauften die damaligen Lehensherren, Pilgrim und Johann von Puchheim, die Herrschaft an Jakob Dachsner. Er wurde aber erst 1404 offiziell von der Lehenschaft befreit. Herzog Albrecht III hatte bereits 1386 Peigarten mit einem Burgfrieden ausgestattet. Peigarten wurde zum freien Eigen der Dachsner. Letzter Vertreter seiner Familie auf Peigarten war Paul Dachsner. Er wird 1460 letztmals erwähnt. Danach saß hier der des Raubrittertums bezichtigte Heinrich von Neuhaus. 1481 verkaufte Heinrich die Burg an Bernhard von Inpruck und dessen Gattin Dorothea.
Während der Ungarnkriege standen viele Waldviertler Adelige auf der Seite von Matthias Corvinus. Johann von Puchheim übergab ihm 1486 die Burg. Nach Corvinus Tod verlieh Kaiser Friedrich III die Herrschaft an Pankraz Kressling. Im Winter 1492 setzte sich hier der Raubritter Pribik Vrecko fest. Anfang Mai 1493 konnten dieser von kaiserlichen Truppen vertrieben werden. Pankraz Kressling erhielt seine Herrschaft wieder zurück. Er verkaufte sie 1501 an Johann Baptist Schönauer. Wolfgang Inprucker beschwerte sich jedoch bei Kaiser Maximilian I, dass Peigarten seinen Eltern unrechtmäßig weggenommen wurde. 1513 erhielten die Inprucker ihre Herrschaft wieder zurück. Noch im gleichen Jahr wurde Peigarten zum freien Eigen der Inprucker. Zwischen 1526 und 1534 saß Johann Enzenwieser auf der Burg. Anschließend findet man hier wieder die Inprucker. Nach dem Aussterben der Familie Inprucker erwarb 1644 Abt Cornelius von Lilienfeld Peigarten.
Lilienfeld behielt Peigarten bis zur Auflösung des Stiftes 1789. In dieser Zeit wurde es ausschließlich von stiftseigenen Patres verwaltet. Im späteren 17. Jahrhundert hatte das Stift die längst militärisch wertlos gewordene Feste zu einem Barockschloss umbauen lassen. 1792 wurde das Schloss an Johann Christian von Henssler verkauft. 1794 erwarb Joseph Edler von Habermann die Herrschaft. 1800 befand sie sich im Besitz von Philipp Püffel. 1801 erwarb Graf Tuccmann das Gut für seine Verwandte Maria von Porta. 1812 kaufte es Philipp-Ferdinand Graf von Grünne. Er vereinigte Peigarten mit seiner Herrschaft Dobersberg. Als Philipp Graf Grünne 1902 starb, wurde Peigarten auf 99 Jahre an Sandor Baum verpachtet. Dobersberg-Peigarten ging 1935 als Erbe an den ungarischen Grafen Friedrich Szapary. 1940 kaufte Joseph Liebich das Schloss, das aber bald von der Deutschen Ansiedlungsgesellschaft übernommen wurde. 1945 wurde es von der russischen Besatzungsmacht beschlagnahmt und bis 1955 von der USIA verwaltet. Danach gelangte es in bäuerlichen Besitz.
1978 erwarb Dr. Martin Wolfer den bereits stark verwahrlosten Bau. Gemeinsam mit seiner Gattin restaurierte und revitalisierte er das Schloss. Es dient noch heute als Sommersitz der Familie. Das Gebäude ist weitgehend als Schlossmuseum eingerichtet und zeigt die Wohnkultur des Adels im 19. Jahrhundert. Außerdem beherbergt es ein Heimatmuseum.
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