Die Turmburg von Perchtoldsdorf dürfte noch vor dem Jahr 1000 errichtet worden sein. 1002 schenkte König Heinrich das eroberte Grenzgebiet dem Babenberger Markgraf Heinrich I. Der Name Perchtoldsdorf deutet darauf hin, dass der Ort von einem Ministerialen der Babenberger namens Berchtold gegründet worden ist.1138 wird mit Heinricus de Pertoldesdorf urkundlich erwähnt.

Sein Nachfolger Heinrich II ließ die bisherigen Holzhäuser durch Steinbauten ersetzen und im Nordosten eine von einer Mauer umgebene Vorburg errichten. Otto I von Perchtoldsdorf besaß seine Herrschaft als freies Eigen. Er übergab sie 1232 dem Kloster Melk und nahm sie wieder als Lehen zurück. 1236 beteiligte er sich am Adelsaufstand gegen Herzog Friedrich II.

Das Ergebnis war, dass dieser die Turmburg zerstören ließ. Im dritten Viertel des 13. Jahrhunderts ließ Otto II die Befestigungsanlagen erneuern und vergrößern. Die ruinöse Turmburg wurde in eine Kirche umgebaut. Als sich Otto III an einem Adelsaufstand gegen den Landesherrn beteiligte, ließ Herzog Albrecht I 1290 seine drei Burgen niederbrennen. 1308 starben die Herren von Perchtoldsdorf aus. Das Stift Melk zog das erledigte Lehen ein und vergab es an die Herzöge von Österreich. Die Burg Perchtoldsdorf wurde wieder aufgebaut und zum Witwensitz der österreichischen Herzoginnen. Vor allem Ende des 14. Jahrhunderts wurde an ihr viel gebaut. In den Auseinandersetzungen zwischen Kaiser Friedrich III und Albrecht VI wurde die Burg von verschiedenen Söldnerführern besetzt und musste einige Belagerungen aushalten.

1465 griffen kaiserliche und Wiener Truppen Perchtoldsdorf an und belagerten die Burg. Durch den ständigen Artilleriebeschuss waren ihre Gebäude schwer beschädigt worden. 1477 war sie wieder voll verteidigungsfähig. Dennoch ergab sich Perchtoldsdorf ohne Widerstand den Soldaten des ungarischen Königs Matthias Corvinus. 1481 nahmen Söldnertruppen die Burg nach einer kurzen Belagerung ein. Bei diesen und neuerlichen Kämpfen mit den Ungarn im nächsten Jahr wurde die Burg wieder einmal zerstört und niedergebrannt. Erst 1490 gelang es Erzherzog Maximilian die Ungarn endgültig zu vertreiben. Da er kein Interesse mehr an der weitgehend zerstörten Anlage hatte und diese 1496 an Dr. Manngen von Höhenberg verkaufte, bezogen die Bürger von Perchtoldsdorf ihre Ruinen in die Marktbefestigung ein.

Auf Grund der drohenden Türkengefahr wurden die Außenmauern erneuert und die Türme restauriert. Als 1529 die Türken erschienen, konnten die schwer befestigten Burg alle Angriffe abwehren. Danach wurde der Ausbau der Wehranlagen fortgesetzt. 1683 wurde die Festung und Kirche wieder von Türken niedergebrannt. Diesmal verzichtete man auf einen Wiederaufbau der zerstörten Burg. 1794 riss man die innere Ringmauer ab und schüttete den Graben zu. Um die dachlosen Gebäude der Burg kümmerte sich niemand mehr. Um die Mitte des 19. Jahrhunderts überlegte man sogar alles abzureißen. 1871 machte der Anatom Prof. Joseph Hyrtl den Südturm des Burgareals wieder benutzbar. 1958 errichtete man ein Notdach über dem bisher dachlosen Palassaal. Die Marktgemeinde Perchtoldsdorf beschloss 1964 den ehemaligen Wohntrakt der Burg in ein Kulturzentrum umzubauen. 1967 waren die Arbeiten beendet. Der weitere Ausbau zog sich bis 1989 hin.

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