1218 wird ein Heinricus de Pechstal erwähnt. Er dürfte in einem später abgebrochenen Wohnturm gehaust haben. Im Stiftungsbuch von St. Bernhard erscheint als Besitzer der Herrschaft um 1240 Otto II von Maissau auf. Um diese Zeit dürften die ersten Bauten des heutigen Schlosses errichtet worden sein.

1291 soll die Wasserburg im Adelsaufstand gegen Herzog Albrecht I zerstört worden sein. 1299 ist Ulrich von Maissau urkundlich nachweisbar. Bereits damals war das Landgericht mit dem landesfürstlichen Lehen verbunden. Otto IV, der letzte Maissauer, übertrug 1433 seinen Pöggstaller Besitz mit Bewilligung Herzog Albrechts VI an Georg und Christoph von Liechtenstein. Auf die Familie Liechtenstein folgten die Ebersdorf und 1450 die Wiener Patrizierfamilie Holzer.

1457 ließ König Ladislaus Schloss Pöggstall durch seinen Hauptmann Wilhelm Pebringer belagern. Die Herrschaft wurde anschließend beschlagnahmt. 1460 belehnte Kaiser Friedrich III den Sohn des bereits verstorbenen Konrad Holzers wieder mit Pöggstall. 1478 erwarb Kaspar I von Rogendorf die Herrschaft. Er ließ sich zwei Jahre später unmittelbar neben dem Schloss die St. Gilgen-Kapelle als Schlosskirche und Begräbnisstätte errichten. Nach dem Bau des Rondells wurde die Kirche auch in den äußeren Befestigungsring einbezogen. Pöggstall blieb bis 1601 im Besitz seiner Nachkommen. Unter ihnen erhielt das Schloss seine heutige Gestalt. Das Schloss ging in ihr freies Eigen über und erhielt den Namen Rogendorf. Außerdem wurde ihnen auch das Landgericht übertragen.

Kaspar und Wilhelm waren die letzten Rogendorfer in Pöggstall. Sie verkauften 1601 die Herrschaft an die Grafen von Öttingen. Es folgten 1607 die Wolzogen, die 1610 an die Herren von Sinzendorf verkauften. Als die Familie Sinzendorf auf Grund ihres wirtschaftlichen Niederganges 1747 die Krida ansagen musste, kam das Gut 1756 an die Freiherren von Seldern. Auf diese folgte 1772 Josef Edler von Fürnberg. 1795 erwarb Freiherr von Braun das Schloss und verkaufte es noch im selben Jahr an den Familienfonds des Kaisers Franz I. 1882 kam es zu umfangreichen Umbauten. 1886 wurde im Schloss ein k. k. Bezirksgericht eingerichtet. Bis 1919 war die Herrschaft nun im Besitz der Habsburger. Danach wurde sie dem staatlichen Kriegsinvalidenfonds einverleibt. 1975 brannte der Dachstuhl des Bergfrieds ab und wurde in den folgenden Jahren erneuert.

1986 hat die Marktgemeinde Pöggstall das Schloss von den Österreichischen Bundesforsten erworben. 1999 wurden die Renaissancemalereien im Arkadenhof durch eine gläserne Verdachung geschützt. Im Rondell ist ein Rechtsgeschichtemuseum sowie eine Gaststätte untergebracht. Im Hauptschloss stellen ein Heimatmuseum sowie ein Imker- und das Märchenmuseum ihre Exponate aus.

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