Erstmals genannt wird der Wehrbau in den Jahren 990 bis 1025, als das beim Ungarneinfall verloren gegangene und dann wieder rückeroberte Land neu besiedelt wurde. Erster Besitzer und Namensgeber der Burg war Graf Poto, ein Sohn des Pfalzgrafen Hartwig von Regensburg. Er stellte sich jedoch 1044 an die Seite des Bayernherzogs Konrad, der sich mit den Ungarn verbündete. Kaiser Heinrich III schlug den Aufstand nieder und ächtete Poto, wobei dieser seine gesamten Besitzungen verlor. Der Kaiser schenkte die Burg dem Bischof von Eichstätt. 1108 befand sie sich im Besitz eines weiteren Poto, der aus der Familie der Hochfreien von Asparn stammte.

Nach dem Aussterben seiner Familie wurde die Pottenburg 1226 ein landesfürstliches Lehen. Es wurde an Heinrich von Brunn, dem Gatten der Mathilde von Asparn, vergeben. Allerdings war die Burg im Laufe ihrer Geschichte mehrfach in ungarischem Besitz. 1343 kaufte Graf Konrad von Schaunberg den Brunnern die Burg ab, musste sie aber bereits 1351 an den Landesfürsten abtreten. 1359 kam es zu umfangreichen Um- und Ausbauten. Gamareth Fronauer, der sich in der Burg festgesetzt hatte, musste 1460 vom kaiserlichen Hauptmann Ulrich von Grafenegg daraus vertrieben werden. Als 1482 König Matthias Corvinus die Pottenburg eroberte, blieb sie zehn Jahre lang in ungarischem Besitz und diente nun als Grenzburg gegen Österreich.

Nach ihrer Rückeroberung wurde sie wieder von landesfürstlichen Pflegern verwaltet und gelegentlich verpfändet. Um 1500 wurde sie verlassen und auch nicht mehr als Festung genützt. 1517 verkaufte Kaiser Maximilian I die Herrschaft an Wilhelm von Zelking. 1529 fiel die Burg den Türken mehr oder weniger kampflos in die Hände. Nach deren Abzug wird sie nur mehr als Ruine bezeichnet. 1544 verkauften die Zelkinger ihren Besitz an die Herren von Walterskirchen. Sie stellen auch noch heute den Grundeigentümer.

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