Die Burg dürfte in den Jahren 1157 bis 1176 unter Rapoto von Kuenring als Sperrveste an der alten Fernstraße von Böhmen zur Donau erbaut worden sein.

In Folge des Adelsaufstandes gegen Herzog Albrecht I, waren ab 1305 die Herren von Dachsberg, die zuvor Lehensnehmer der Kuenringer waren, im Besitz der Burg. Sie schufen um 1378 die Kapelle und einen Teil des Osttraktes. 1383 mussten sie ihr freies Eigen an den Landesfürsten Herzog Albrecht III verkaufen, der aber 1398 Georg von Dachsberg mit der Herrschaft belehnte. Ab 1423 sind die mit den Dachsbergern verschwägerten Herren von Starhemberg auf Rappottenstein nachweisbar. 1546 folgten ihnen die Herren von Landau, die wesentlich zum heutigen Aussehen der Burg beitrugen.

1664 kaufte Ernst Reichsgraf von Abensperg und Traun die Burg. Ihre Verteidigungsanlagen wurden immer wieder den neuesten wehrtechnischen Erkenntnissen angepasst, so dass sie niemals erobert wurde. 1749 wurden die Bauten durch ein schweres Erdbeben stark beschädigt, so dass man sich ernsthaft überlegte, sie verfallen zu lassen, da sie ja längst keinen militärischen Wert mehr hatte. Glücklicherweise kamen die Eigentümer davon ab und renovierten die Anlage. Rappottenstein ist nach wie vor im Besitz der Grafen von Abensperg und Traun und wird auch von ihnen bewohnt.

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