Unter den Herren von Stuppach-Klamm wurde um 1190 die Veste Reichenau errichtet. 1256 wird in einer Urkunde ein Perchthold de Reichenau als Zeuge genannt. Er und seine Nachfolger, denen schließlich die Herrschaft als freies Eigen gehörte, waren vermutlich Verwandte der Herren von Stuppach-Klamm.

Der eingeheiratete Christian von Wolfsegck verkaufte seinen Anteil 1311 an die Brüder Konrad und Niklas von Fallbach. Von Konrads Witwe Alhaid erwarb Herzog Otto der Fröhliche 1333 den Besitz und schenkte ihn dem von ihm sechs Jahre zuvor gegründeten Kloster Neuberg. Die Zisterziensermönche behielten nun 450 Jahre lang die Herrschaft Reichenau. Die Burg wurde allmählich zum Schloss ausgebaut, das von den Äbten gerne aufgesucht wurde.

So ließ Abt Kaspar III Seemiller von Landsberg 1614 Erweiterungen vornehmen und die Befestigungen modernisieren. Unter Abt Balthasar II Huebmann entstand 1645 bei einem weiteren Ausbau die äußere Umfassungsmauer. Als 1784 die Herrschaft Reichenau in das Eigentum der Innerberger Hauptgewerkschaft überging, wurde im Schloss die Werksleitung untergebracht. Auf Grund mangelnder Pflege und eines kleinen Erdbebens war 1826 das Gebäude bereits unbenutzbar geworden. 1829 wurde daher der vordere Schlossteil mit der Kapelle abgetragen und durch einen Neubau ersetzt.

1870 erwarben die Brüder Alois und Michael Waißnix einen Teil der Grundstücke sowie das Schloss. Dieses stand vorerst leer, bis es 1871 von Erzherzog Carl Ludwig gemietet wurde. 1874 zog der Erzherzog wieder aus und das Schloss stand neuerlich leer. Schließlich bewohnte die Familie Waißnix den zweiten Stock und vermietete den Rest des Gebäudes an Sommergäste. 1992 schenkte Frau Margarethe Bader Waißnix das Schloss der Gemeinde. Diese ließ es renovieren. 2005 wurde die Dauerausstellung "Kulturerbe Reichenau" im Schloss eröffnet.

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