Ältere Forschungen vermuten Graf Konrad von Peilstein um 1180 als Inhaber der "Veste Haus". Nachfolger waren die Grafen von Plain-Hardegg. Im 13. Jahrhundert war es ein Lehen des Regensburger Bistums an die Hausegger. 1250 wird in einem von Friedrich von Hausegg gesiegelten Pachtvertrag die Örtlichkeit mit "bei Hawse" angegeben. Gegen Ende des 13. Jahrhunderts war hier der Hauptsitz der Hausegger. Im 14. Jahrhundert wurden zuerst Burggrafen eingesetzt, dann übernahm die Familie Häusler von Purgstall das Regensburger Lehen. 1342 ist Marquard der Häusler hier nachweisbar. 1451 befand sich das Lehen im Besitz des Wolfgang Jörger. 1536 gehörte es Roman Geyer von Osterburg.

Bis 1591 wurde die Burg lediglich Haus genannt. Erst dann scheinen sich die Bezeichnungen Rottenhaus bzw. Rothenhaus durchzusetzen. 1636 kaufte Mathias Praun die Herrschaft. Um diese Zeit dürfte das Schloss noch gut bewehrt gewesen sein, denn 1663 war es als Fluchtort für die Bevölkerung vorgesehen. Prauns Sohn Gottfried Matthias veräußerte das Gut 1723 an Maximilian Ludwig Graf Auersperg. 1733 gelangte Rottenhaus an Paul Graf Permudec de la Torre. 1782 kaufte Freiherr Franz von Prandau den Besitz. Schließlich erwarb Kaiser Franz II das Schloss für den k. k. Patrimonialfonds. Nach dem Ende der Monarchie wurde das Gut von der Republik Österreich übernommen.

Heute befindet sich hier eine landwirtschaftliche Versuchsanstalt für Tierzucht.

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