Der Bau wurde, wahrscheinlich einheitlich, zur Zeit der Gotik Anfang des 14. Jahrhunderts errichtet. Quellen verweisen ins Jahr 1083 als erste urkundliche Nennung. 1043 wurde bereits die Festungsmauer der späteren Wehrkirche Scharndorf errichtet. 1072 wird im Salbuch des Stiftes Göttweig erstmals der Name "Scoriondorf" genannt. Um 1200 entstand in Scharndorf der Kirchenbau, der der hl. Margaretha geweiht wurde. 1429 wurde die Pfarre Scharndorf im Patronat Petronell genannt. 1529 wurde Scharndorf bei der ersten Türkenbelagerung zerstört. 1598 wurde die Kirche Scharndorf neu aufgebaut. Mit der zweiten Türkenbelagerung 1683 erfolgte eine abermalige Zerstörung und der Wiederaufbau.

Das Auffälligste an der Wehrkirche ist ihr zinnengekrönter gotischer Westturm, an den sich das Langhaus anschließt. Der Turm ist von zahlreichen Pfostenlöchern umgeben. Errichtet wurde er in schön geschichtetem Bruchsteinmauerwerk mit Ortssteinen. Er weist dreiseitig abgefaste Halbkreisfenster auf und zeigt beim Übergang in das Achteck eine zinnenartige Krönung. Der Turm des Gotteshauses trägt einen Kegelhelm. Die Kirche ist von einer mittelalterlichen Umfassungsmauer und dem Friedhof umgeben.

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